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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dl4 | ||||||
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タイトル | S. CEREVISIAE CYP51 COMPLEXED WITH Courmarin-containing INHIBITOR | ||||||
![]() | Lanosterol 14-alpha demethylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHBITOR / COURMARIN / CYP51 / Sterol Biosynthesis / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ergosterol biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / methyltransferase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruma, Y.N. / Keniya, M.V. / Tyndall, J.D. / Monk, B.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: S. CEREVISIAE CYP51 COMPLEXED WITH Courmarin-containing INHIBITOR 著者: Benhamou, R. / Keniya, M.V. / Ruma, Y.N. / Fridman, M. / Tyndall, J.D. / Monk, B.C. #1: ![]() タイトル: Structural Insights into Binding of the Antifungal Drug Fluconazole to Saccharomyces cerevisiae Lanosterol 14alpha-Demethylase. 著者: Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Monk, B.C. / Tyndall, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4lxjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/BGC.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 61885.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: YJM789 / 遺伝子: ERG11, SCY_2394 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#5: 糖 | ChemComp-BGC / |
-非ポリマー , 4種, 220分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SKX.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SKX.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-SKX / |
#4: 化合物 | ChemComp-1PE / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 44% PEG 400, 0.1 M Glycine, pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 91 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→43.67 Å / Num. obs: 60454 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 35.38 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0607 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.978 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.408 / Num. unique obs: 5947 / CC1/2: 0.705 / CC star: 0.909 / % possible all: 99.07 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LXJ 解像度: 1.91→43.67 Å / SU ML: 0.2267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3957 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→43.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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