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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d6o | |||||||||
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タイトル | Nanorana parkeri saxiphilin:F-STX (soaked) | |||||||||
要素 | Saxiphilin | |||||||||
キーワード | ANTITOXIN / Saxiphilin / Toxin resistance / Saxitoxin | |||||||||
機能・相同性 | Chem-QDX 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Nanorana parkeri (カエル) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zakrzewska, S. / Chen, Z. / Minor, D.L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Definition of a saxitoxin (STX) binding code enables discovery and characterization of the anuran saxiphilin family. 著者: Chen, Z. / Zakrzewska, S. / Hajare, H.S. / Alvarez-Buylla, A. / Abderemane-Ali, F. / Bogan, M. / Ramirez, D. / O'Connell, L.A. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d6o.cif.gz | 182.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d6o.ent.gz | 139.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8d6o_validation.pdf.gz | 723 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8d6o_full_validation.pdf.gz | 745.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8d6o_validation.xml.gz | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8d6o_validation.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/8d6o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94703.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nanorana parkeri (カエル) / 遺伝子: XM_018555331.1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
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#2: 化合物 | ChemComp-QDX / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-1PE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
配列の詳細 | MALTFHTALY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, 1 mM (final concentration) F-STX was added during soaking |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033167 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→43.31 Å / Num. obs: 66898 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 55.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07078 / Net I/σ(I): 19.64 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 6682 / CC1/2: 0.602 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 8D6G 解像度: 2.2→43.31 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 164.21 Å2 / Biso mean: 71.9182 Å2 / Biso min: 35.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→43.31 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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