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- PDB-8cj7: HDAC6 selective degraded (difluoromethyl)-1,3,4-oxadiazole substr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cj7
タイトルHDAC6 selective degraded (difluoromethyl)-1,3,4-oxadiazole substrate inhibitor
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / inhibitor / small molecule hydrazide / HDAC6 / oxadiazole / histone
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / deacetylase activity / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process / protein lysine deacetylase activity / potassium ion binding ...Aggrephagy / negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / deacetylase activity / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process / protein lysine deacetylase activity / potassium ion binding / response to stress / hematopoietic progenitor cell differentiation / swimming behavior / transferase activity / chromatin organization / actin binding / angiogenesis / perikaryon / axon / centrosome / dendrite / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / Chem-UTO / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Sandmark, J. / Ek, M. / Ripa, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Selective and Bioavailable HDAC6 2-(Difluoromethyl)-1,3,4-oxadiazole Substrate Inhibitors and Modeling of Their Bioactivation Mechanism.
著者: Ripa, L. / Sandmark, J. / Hughes, G. / Shamovsky, I. / Gunnarsson, A. / Johansson, J. / Llinas, A. / Collins, M. / Jung, B. / Noven, A. / Pemberton, N. / Mogemark, M. / Xiong, Y. / Li, Q. / ...著者: Ripa, L. / Sandmark, J. / Hughes, G. / Shamovsky, I. / Gunnarsson, A. / Johansson, J. / Llinas, A. / Collins, M. / Jung, B. / Noven, A. / Pemberton, N. / Mogemark, M. / Xiong, Y. / Li, Q. / Tangefjord, S. / Ek, M. / Astrand, A.
履歴
登録2023年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
B: Histone deacetylase 6
C: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,64120
ポリマ－120,8563
非ポリマー1,78517
水11,422634
1
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2339
ポリマ－40,2851
非ポリマー9488
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8526
ポリマ－40,2851
非ポリマー5675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5565
ポリマ－40,2851
非ポリマー2714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.977, 84.062, 96.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6


分子量: 40285.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7

-
非ポリマー , 5種, 651分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-UTO / 6-[(5-pyridin-2-yl-1,2$l^{4},3,4-tetrazacyclopenta-1,3-dien-2-yl)methyl]pyridine-3-carbohydrazide


分子量: 296.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M NaI, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5,10% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→90.2 Å / Num. obs: 116637 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.52→1.72 Å / Num. unique obs: 5831 / CC1/2: 0.604

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→90.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Blow DPI: 0.119 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 5598 4.8 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 116662 51.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1185 Å20 Å24.148 Å2
2---2.3218 Å20 Å2
3---2.2033 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.51→90.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8272 0 59 634 8965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018618HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9911705HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2935SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1493HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8618HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1107SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10699SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.64 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 123 5.27 %
Rwork0.2137 2211 -
all0.2148 2334 -
obs--4.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49170.10880.02911.543-0.03110.6693-0.02680.003-0.0077-0.09850.0343-0.0661-0.01510.001-0.0075-0.15320.00680.0861-0.16540.0018-0.09874.4042-17.28520.4102
20.60980.097-0.19981.5470.110.6799-0.03230.0158-0.0293-0.1470.0034-0.03280.0427-0.01720.0289-0.01760.00890.076-0.19660.0024-0.1777-20.2413-7.041242.5683
32.0860.3442-0.25313.79410.40230.6835-0.10120.0318-0.04230.10970.0291.0142-0.0102-0.06470.0722-0.346-0.00080.106-0.30050.05060.4266-43.63225.9483-0.5812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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