PDB-8cch: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((1R)-1-(((2S)-1-(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cch

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((1R)-1-(((2S)-1-(2-cyclohexyl-2-(thiophen-2-yl)acetyl)piperidine-2-carbonyl)oxy)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl)phenoxy)acetic acid

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cch.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cch.ent.gz	85.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccaC 8ccbC 8cccC 8ccdC 8cceC 8ccfC 8ccgC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.114, 54.558, 56.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-U8C / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-cyclohexyl-2-thiophen-2-yl-ethanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 663.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₅NO₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 26% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.73→39.33 Å / Num. obs: 16577 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 23.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.99-39.3	7.1	0.016	151	1	0.008	0.018
1.73-1.76	9.1	0.814	920	0.927	0.412	0.914

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 1.73→39.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 9.263 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	794	4.8 %
R_work	0.2098	15749	-
all	0.211	-	-
obs	-	16543	98.635 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.195 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	5.826 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.631 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→39.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	935	0	47	78	1060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.947	1.705	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.065	1.656	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.001	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	1.605	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.742	10	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.98	10	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.664	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.029	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.072	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.747	2.458	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.746	2.457	513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.5	4.404	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.498	4.403	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.155	2.57	492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.153	2.57	493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.055	4.677	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.053	4.676	727
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.41	24.61	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.382	24.086	1094

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.73-1.775	0.375	76	0.36	1122	0.361	1206	0.483	0.496	99.3366	0.318
1.775-1.824	0.397	52	0.36	1129	0.362	1197	0.658	0.736	98.6633	0.322
1.824-1.876	0.337	48	0.318	1084	0.318	1151	0.827	0.834	98.3493	0.279
1.876-1.934	0.188	51	0.291	1048	0.287	1116	0.91	0.892	98.4767	0.256
1.934-1.997	0.368	47	0.273	1036	0.277	1088	0.884	0.918	99.5404	0.237
1.997-2.067	0.318	31	0.246	993	0.247	1055	0.901	0.935	97.0616	0.216
2.067-2.145	0.284	35	0.221	959	0.223	1006	0.947	0.957	98.8072	0.198
2.145-2.232	0.222	51	0.216	933	0.216	994	0.972	0.964	98.994	0.196
2.232-2.331	0.302	45	0.211	896	0.215	955	0.927	0.967	98.534	0.194
2.331-2.444	0.202	53	0.192	843	0.193	901	0.97	0.974	99.4451	0.174
2.444-2.576	0.198	38	0.193	809	0.193	853	0.972	0.974	99.2966	0.172
2.576-2.732	0.247	35	0.199	773	0.201	840	0.963	0.974	96.1905	0.183
2.732-2.919	0.212	46	0.175	712	0.177	763	0.972	0.979	99.3447	0.169
2.919-3.152	0.255	47	0.198	689	0.201	739	0.96	0.975	99.594	0.195
3.152-3.45	0.218	33	0.211	624	0.212	658	0.974	0.975	99.848	0.212
3.45-3.854	0.228	19	0.201	574	0.202	619	0.968	0.976	95.7997	0.209
3.854-4.443	0.222	38	0.173	508	0.177	548	0.975	0.982	99.635	0.188
4.443-5.424	0.176	22	0.159	443	0.16	466	0.976	0.986	99.7854	0.178
5.424-7.599	0.259	9	0.204	359	0.206	378	0.954	0.974	97.3545	0.218
7.599-39.33	0.192	18	0.22	215	0.217	239	0.983	0.953	97.4895	0.249

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.4854 Å / Origin y: 7.5084 Å / Origin z: 0.8118 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0091 Å²	0.0022 Å²	0.0116 Å²	-	0.0741 Å²	0.0039 Å²	-	-	0.0201 Å²
L	5.8898 °²	0.5549 °²	-0.0184 °²	-	2.6795 °²	0.1415 °²	-	-	2.8799 °²
S	-0.0005 Å °	-0.565 Å °	0.0516 Å °	0.1256 Å °	-0.055 Å °	0.2044 Å °	0.0989 Å °	0.0228 Å °	0.0554 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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