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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c41 | ||||||
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タイトル | High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA complex with the novel fluoroquinolone Delafloxacin | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / TOPOISOMERASE IIA / DELAFLOXACIN / TOPOISOMERASE IV-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | delafloxacin / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å | ||||||
データ登録者 | Najmudin, S. / Pan, X.S. / Wang, B. / Chayen, N.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The nature of the molecular interactions at high resolution of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA complex with the novel fluoroquinolone Delafloxacin. 著者: Najmudin, S. / Pan, X.S. / Wang, B. / Chayen, N.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c41.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c41.ent.gz | 963.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c41.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c41_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c41_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c41_validation.xml.gz | 57.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c41_validation.cif.gz | 81 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c41 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qmbC 8qmcC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 84211.422 Da / 分子数: 2 / 変異: Insertion of His at postion 648 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fused TOPOISOMERASE IV CLEAVAGE COMPLEX comprises the C-terminal domain of the ParE30 domain (residues 415-647), a His insert at position 648 and the N-terminal domain of ParC55 (residues 1001-1486) 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: 7785 / 遺伝子: SP_0852-SP_0855 / プラスミド: PET29A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EC: 5.99.1.- |
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-DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH
#2: DNA鎖 | 分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cleaved from the E18 mer oligo AGTCATTCATGACCTTGGT / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 2113.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
#5: DNA鎖 | 分子量: 3358.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) |
-非ポリマー , 5種, 431分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MG / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5% Tacsimate, 50 mM Na Cacodylate, 62.5 mM KCl, 7.5 mM MgCl2, 4-7.5% Isopropanol. 30% MPD as cryoprotectant PH範囲: 6.5-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.393→115.01 Å / Num. obs: 70836 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 60.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.564 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.569 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.394→2.689 Å / 冗長度: 49.5 % / Rmerge(I) obs: 4.363 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3517 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.62 / Rrim(I) all: 4.483 / % possible all: 84 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.393→115.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.175 / SU B: 14.946 / SU ML: 0.187 / Average fsc free: 0.9534 / Average fsc work: 0.9697 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.307 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.207 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.393→115.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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