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- PDB-8bi2: Syk kinase domain in complex with macrocyclic inhibitor 20a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bi2
タイトルSyk kinase domain in complex with macrocyclic inhibitor 20a
要素Tyrosine-protein kinase SYK
キーワードTRANSFERASE / SYK Kinase TRANSFERASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / positive regulation of interleukin-3 production / cellular response to lectin / B cell receptor complex / Toll-like receptor binding / regulation of platelet aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation ...interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / positive regulation of interleukin-3 production / cellular response to lectin / B cell receptor complex / Toll-like receptor binding / regulation of platelet aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / serotonin secretion by platelet / leukocyte activation involved in immune response / neutrophil activation involved in immune response / lymph vessel development / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of mast cell cytokine production / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / cell activation / beta selection / FLT3 signaling through SRC family kinases / cellular response to molecule of fungal origin / leukotriene biosynthetic process / early phagosome / regulation of phagocytosis / : / interleukin-3-mediated signaling pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of bone resorption / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Interleukin-2 signaling / cellular response to lipid / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of B cell differentiation / leukocyte cell-cell adhesion / T cell receptor complex / Dectin-2 family / mast cell degranulation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / amyloid-beta clearance / FCGR activation / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of interleukin-10 production / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phosphatase binding / phospholipase binding / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of type I interferon production / phosphotyrosine residue binding / Integrin signaling / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of TORC1 signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / peptidyl-tyrosine phosphorylation / SH2 domain binding / B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / animal organ morphogenesis / integrin-mediated signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / non-specific protein-tyrosine kinase / Regulation of signaling by CBL / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / positive regulation of protein-containing complex assembly / platelet activation / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / receptor internalization / positive regulation of interleukin-6 production / integrin binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to amyloid-beta / protein import into nucleus / positive regulation of tumor necrosis factor production / kinase activity
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QR7 / Tyrosine-protein kinase SYK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.508 Å
データ登録者Read, J.A. / Patel, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Optimization of a series of novel, potent and selective Macrocyclic SYK inhibitors.
著者: Grimster, N.P. / Gingipalli, L. / Balazs, A. / Barlaam, B. / Boiko, S. / Boyd, S. / Dry, H. / Goldberg, F.W. / Ikeda, T. / Johnson, T. / Kawatkar, S. / Kemmitt, P. / Lamont, S. / Lorthioir, O. ...著者: Grimster, N.P. / Gingipalli, L. / Balazs, A. / Barlaam, B. / Boiko, S. / Boyd, S. / Dry, H. / Goldberg, F.W. / Ikeda, T. / Johnson, T. / Kawatkar, S. / Kemmitt, P. / Lamont, S. / Lorthioir, O. / Mfuh, A. / Patel, J. / Pike, A. / Read, J. / Romero, R. / Sarkar, U. / Sha, L. / Simpson, I. / Song, K. / Su, Q. / Wang, H. / Watson, D. / Wu, A. / Zehnder, T.E. / Zheng, X. / Li, S. / Dong, Z. / Yang, D. / Song, Y. / Wang, P. / Liu, X. / Dowling, J.E. / Edmondson, S.D.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase SYK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3422
ポリマ－34,8811
非ポリマー4611
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.990, 84.985, 90.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase SYK / Spleen tyrosine kinase / p72-Syk


分子量: 34880.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tyrosine-protein kinase SYK(343-635)-6His / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43405, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-QR7 / 10,13,23-trimethyl-16-oxa-2,4,8,9,13,19,23,30-octazapentacyclo[19.5.2.1^{3,7}.1^{8,11}.0^{24,28}]triaconta-1(27),3,5,7(30),9,11(29),21,24(28),25-nonaen-20-one


分子量: 460.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1M Na3Cit pH 6.4, 16% PEG3350, 0.2M KH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月23日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→62 Å / Num. obs: 38677 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.51→1.63 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1934 / CC1/2: 0.601

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bbgn

解像度: 1.508→61.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 1890 4.89 %RANDOM
Rwork0.2034 ---
obs0.205 38669 78.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4066 Å20 Å20 Å2
2--0.0593 Å20 Å2
3---0.3473 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.508→61.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2071 0 34 179 2284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.92921HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d726SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes356HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2155HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion264SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1999SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.59 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 -3.75 %
Rwork0.2609 745 -
all0.2604 774 -
obs--10.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.8144 Å / Origin y: 10.7214 Å / Origin z: 19.8779 Å
111213212223313233
T-0.0649 Å2-0.0029 Å20.0004 Å2--0.0151 Å20.0153 Å2---0.0553 Å2
L1.3706 °2-0.0751 °2-0.8553 °2-1.882 °2-0.3197 °2--0.9783 °2
S-0.0087 Å °-0.079 Å °0.0008 Å °-0.0439 Å °0.0062 Å °-0.0565 Å °0.0458 Å °0.0928 Å °0.0025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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