PDB-8b7c: Tubulin-maytansinoid-12 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b7c

タイトル

Tubulin-maytansinoid-12 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. ...

資金援助

European Union,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Maytansinol Functionalization: Towards Useful Probes for Studying Microtubule Dynamics.
著者: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. ...

履歴

登録	2022年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b7c.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b7c.ent.gz	760.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8b7c_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b7c_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8b7c_validation.xml.gz	89.8 KB	表示
CIF形式データ	8b7c_validation.cif.gz	127.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8b7aC 8b7bC 5lxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.866, 157.939, 180.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8V0Z8P0

-
非ポリマー , 9種, 1193分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-PWC / [(1~{S},2~{R},3~{S},5~{S},6~{S},16~{E},18~{E},20~{R},21~{S})-11-chloranyl-12,20-dimethoxy-2,5,9,16-tetramethyl-21-oxidanyl-8,23-bis(oxidanylidene)-4,24-dioxa-9,22-diazatetracyclo[19.3.1.1^{10,14}.0^{3,5}]hexacosa-10(26),11,13,16,18-pentaen-6-yl] 4-[2-(2-azanylhydrazinyl)ethyl]benzoate 分子量: 738.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₄ClN₅O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000029 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000029 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.57 Å / Num. obs: 235350 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.41 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1195 / R_pim(I) all: 0.03355 / R_rim(I) all: 0.1242 / Net I/σ(I): 15.92
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 3.954 / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 23217 / CC_1/2: 0.238 / CC star: 0.62 / R_pim(I) all: 1.118 / R_rim(I) all: 4.111 / % possible all: 99.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 1.9→49.57 Å / SU ML: 0.2845 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.567
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	11740	5 %
R_work	0.1826	222992	-
obs	0.184	234732	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17351	0	229	1176	18756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	18037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5863	24465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	3168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6535	6678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.4221	361	0.4073	6800	X-RAY DIFFRACTION	92.51
1.92-1.94	0.3704	388	0.3707	7362	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.94-1.97	0.3842	387	0.3426	7359	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.97-1.99	0.3307	391	0.3258	7418	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.99-2.02	0.3223	388	0.3023	7381	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.02-2.05	0.305	389	0.2894	7400	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.05-2.08	0.3065	387	0.2842	7336	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.08-2.11	0.2929	392	0.2671	7466	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.11-2.14	0.2739	388	0.2509	7363	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.14-2.17	0.2613	390	0.2416	7404	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.21	0.2803	387	0.2313	7359	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.21-2.25	0.2601	391	0.2198	7433	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.25-2.29	0.2494	392	0.2175	7434	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.3-2.34	0.2439	390	0.2128	7420	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.34-2.39	0.2466	390	0.2015	7406	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.39-2.45	0.2169	390	0.1958	7416	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.45-2.51	0.235	391	0.1934	7420	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.51-2.58	0.234	392	0.1881	7452	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.58-2.65	0.2417	390	0.1855	7414	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.65-2.74	0.2189	392	0.1883	7449	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.74-2.84	0.2335	392	0.1929	7452	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.84-2.95	0.2283	393	0.1948	7462	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.95-3.08	0.2236	394	0.1836	7481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.25	0.2124	392	0.1806	7460	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.25-3.45	0.1992	395	0.1759	7498	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.45-3.72	0.1958	396	0.1634	7516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.167	396	0.1421	7535	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.1495	399	0.1317	7568	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.68-5.9	0.1931	402	0.1528	7644	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.9-49.57	0.1887	415	0.1709	7884	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.862355697008	-0.083663274831	-0.135768260973	3.03023985154	1.61789060644	2.70708119745	-0.00816823034466	0.0821670427051	0.0887641812955	-0.235584933951	0.247637697796	-0.254064209007	-0.481566065712	0.302908628953	-0.172829913085	0.375500918509	-0.0727688383875	0.0649667880903	0.346113179922	-0.109586240147	0.331496619518	28.7386737432	86.0400502476	55.9289604174
2	1.30247199893	1.47714586903	-0.139177383725	1.91785916866	0.503246670109	3.12691457833	0.132007919043	-0.117483929914	0.15356697686	0.309488471063	-0.260169431199	0.67842087057	0.0643168987843	-0.605296016827	0.0925533582543	0.466947134575	-0.0260158163814	0.15707437282	0.440807200606	-0.161414155108	0.488014829703	9.12515217183	84.79216204	71.5484965824
3	0.58985720826	-0.0183233538057	-0.0038356137039	3.06722793117	1.8737282532	2.66685720908	0.00665525849122	-0.114012077008	-0.00312056430371	0.70686662277	0.0478084872607	0.077889415319	0.303936481087	0.0674738146504	-0.051109823706	0.443517484046	-0.0226712558542	0.0472001174253	0.339127475837	-0.0692907738099	0.33831640479	22.9721108319	77.0388678614	69.9083328651
4	3.01447780462	-1.04669755378	-0.267126067402	2.94897572748	0.586862737137	2.43763678401	0.0901129041017	0.226055058173	0.55821921383	-0.397521281997	-0.0899049416759	0.098802020541	-0.815060982291	-0.194677902003	0.00674045196084	0.487363751222	0.0668033988489	0.0217356642875	0.377124754903	-0.0365100610542	0.455657033401	16.3860960162	70.1457475728	19.3901173932
5	1.16468717613	-0.2823342237	-0.345136759143	2.25733379513	1.47860995659	3.22659006747	0.0121592830836	0.0312085421245	0.0991031062312	-0.0239441484954	-0.095154308589	0.152433372509	-0.209513846572	-0.100543783416	-0.0193096818764	0.208906261536	0.00533807995407	0.0145059453773	0.327526589209	-0.0948591413142	0.328122260179	20.3508745089	56.0724799921	25.4184677382
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18	0.522263609901	0.476162644261	-0.619834057356	0.997716028104	-0.362387868053	0.90506421241	-0.672553022106	-0.0491896886543	-0.917132066168	0.0842341393378	0.0738359699647	-0.334657637348	1.2645847371	-0.0492953862551	-0.149601457077	1.1669161636	0.111039758512	0.304354974902	0.438138130133	0.180119792733	0.925586184303	-2.73437340485	48.1169945035	99.1433327362
19	2.33816130849	0.423606756204	-1.72663268516	0.958552217595	0.30803225222	2.72238268735	-0.27115826412	0.0638070673734	-0.43652963362	0.012386570576	0.217211107576	-0.0341256850591	0.459909176161	-0.038138107105	0.0236089352514	0.689545394965	0.00543703160792	0.0865802772078	0.393536194177	0.0159250817794	0.49054672611	0.529726848621	60.037533652	89.6007225412
20	2.52171645797	-1.27181070288	-1.63705503764	0.89617394283	-0.287972975874	8.07427277677	0.186619000577	0.52871284713	0.140375475163	-0.152880333272	0.226539922701	0.402018062664	-0.916923810252	-1.1041547108	-0.474064066439	0.613573598076	-0.0625707127145	0.0116383452796	0.641452378123	-0.0344212043448	0.615704311314	-7.18531411595	63.8693045976	79.556673285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 273 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 438 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 89 through 259 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 260 through 437 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 198 through 440 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 88 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 89 through 273 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 274 through 311 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 312 through 441 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 6 through 46 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 47 through 143 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 1 through 66 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 67 through 96 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 97 through 198 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 283 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 284 through 353 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 354 through 382 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)