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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b7c | |||||||||
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Title | Tubulin-maytansinoid-12 complex | |||||||||
![]() |
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![]() | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||
Function / homology | ![]() tubulin-tyrosine ligase / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule ...tubulin-tyrosine ligase / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. ...Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Pieraccini, S. / Passarella, D. | |||||||||
Funding support | European Union, ![]()
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![]() | ![]() Title: Maytansinol Functionalization: Towards Useful Probes for Studying Microtubule Dynamics. Authors: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. ...Authors: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. / Pieraccini, S. / Passarella, D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 89.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 127.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8b7aC ![]() 8b7bC ![]() 5lxtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 9 types, 1193 molecules ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PWC.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PWC.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-IMD / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Chemical | ChemComp-PWC / [( | #12: Chemical | ChemComp-ACP / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.000029 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49.57 Å / Num. obs: 235350 / % possible obs: 99.93 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 39.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1195 / Rpim(I) all: 0.03355 / Rrim(I) all: 0.1242 / Net I/σ(I): 15.92 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 3.954 / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 23217 / CC1/2: 0.238 / CC star: 0.62 / Rpim(I) all: 1.118 / Rrim(I) all: 4.111 / % possible all: 99.81 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5LXT Resolution: 1.9→49.57 Å / SU ML: 0.2845 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.567 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→49.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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