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- PDB-8alk: Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8alk
タイトルStructure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 in complex with its substrate Rab1
要素
  • Phosphocholine hydrolase Lem3
  • Ras-related protein Rab-1B
キーワードHYDROLASE / Bacterial effector / dephosphocholinase / Legionella pneumophila
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphocholine hydrolase activity / positive regulation of glycoprotein metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / regulation of GTPase activity ...phosphocholine hydrolase activity / positive regulation of glycoprotein metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / regulation of GTPase activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / endomembrane system / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / G protein activity / host cell cytoplasm / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...: / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-OJU / Phosphocholine hydrolase Lem3 / Ras-related protein Rab-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kaspers, M.S. / Pett, C. / Hedberg, C. / Itzen, A. / Pogenberg, V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Dephosphocholination by Legionella effector Lem3 functions through remodelling of the switch II region of Rab1b.
著者: Kaspers, M.S. / Pogenberg, V. / Pett, C. / Ernst, S. / Ecker, F. / Ochtrop, P. / Groll, M. / Hedberg, C. / Itzen, A.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocholine hydrolase Lem3
B: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8388
ポリマ－72,6262
非ポリマー1,2126
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.332, 119.332, 79.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphocholine hydrolase Lem3 / Dephosphocholinase Lem3


分子量: 52900.617 Da / 分子数: 1 / 変異: T391C, C395S, C134S, C209S, C456S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lem3, lpg0696 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q5ZXN5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-1B


分子量: 19725.363 Da / 分子数: 1 / 変異: S76T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GDP is a non-covalently bound ligand and should not be reported as part of the polypeptide chain. The TPO residue is not an actual phospho-threonine but a threonine which is modified by a ...詳細: GDP is a non-covalently bound ligand and should not be reported as part of the polypeptide chain. The TPO residue is not an actual phospho-threonine but a threonine which is modified by a phospho-choline analogue that cross-links the two proteins of the complex (see ligand section)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9H0U4, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 4種, 82分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-OJU / 2-[[[5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-[3-(2-chloranylethanoylamino)propyl]-dimethyl-azanium / Cytidine-diphosphate with a thiol-reactive chloroacetamide (cross-linker)


分子量: 608.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H33ClN5O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.979124 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→103.34 Å / Num. obs: 34977 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 44.63 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2867 / CC1/2: 0.761 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Lem3_apo, 3NKV

3nkv


解像度: 2.15→103.34 Å / SU ML: 0.228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4627
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 1839 5.26 %
Rwork0.1813 33102 -
obs0.1837 34941 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→103.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4840 0 16 76 4932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00274946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51916695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.91813
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.210.29851460.21972548X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.27581400.20782519X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.350.26341560.20412514X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.430.26771530.19882525X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.530.27981380.19252522X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.640.27171330.19442559X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.780.25321380.18872536X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.960.24351530.19242530X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.180.2671350.19862551X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.50.2322890.1912604X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.010.2171670.17112520X-RAY DIFFRACTION100
4.01-5.050.20931520.15562550X-RAY DIFFRACTION100
5.06-103.340.18881390.18212624X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.62117651228-0.459708938366-1.110576924396.254438756553.65779522795.63388678614-0.05251803230620.2142832039220.208258063094-0.2738729646950.281660104628-0.405065392881-0.5228214138240.514275563831-0.3649145141680.368070882943-0.139626799281-0.04186009441320.2960221090780.03215670697770.345530823743-27.8704482396-4.234559950092.74690871189
22.40413434930.3109485800260.1214903750811.912488041011.672759171996.65437525815-0.1157779630420.2771701715270.0251932542996-0.3353610476080.147686980469-0.0830484352033-0.3686445821140.378693232729-0.06964067392040.311461984378-0.0189942213422-0.02633866950850.1996571227130.0142012732260.355103759065-29.0107588897-7.950470274777.65750221872
35.727338263990.746903351758-0.6205546179942.713846592151.324385991049.29215308923-0.3511510931170.190698796070.589671673627-0.3317366683440.1363270219690.281416206324-1.04632689396-0.608253451570.1842082995510.4904708576020.138240328627-0.1819490498720.329456386958-0.02553521049580.55924129693-43.4192787745-1.440970468788.63213169113
42.53687570626-0.1926882102031.557786994992.578759566851.543700725445.696670989240.240554135995-0.143313487993-0.2319167270320.126574657898-0.2410651485090.3056240828790.472708749011-0.674975250016-0.05151240604530.273973613507-0.0680607600979-0.005629946670020.3354685325450.02466548887190.386465043213-43.0001836245-17.820159072213.6769631363
51.357402215140.07744289375732.258248107221.252410657530.2634869187036.974112902030.2291706173630.0805723051073-0.5882728699170.2719607683020.180316718632-0.2410263927430.9241045814450.631116959339-0.3972090087060.4224627384860.120597185797-0.09649724226450.357998594476-0.04121152752470.458004125687-22.7162306977-19.995045466215.114280184
63.087367419760.9135417974291.013494327918.155156613017.004938525478.88509628413-0.1599991501070.43321941408-0.0721897422948-0.9251246319310.3065833243060.0750009825427-0.380891565070.272392848054-0.09378691584230.476010317468-0.0113030823081-0.03705947874290.539744806516-0.06614133511450.499952757941-27.7783231778-28.2620482997-17.1029380373
78.41976836694-1.58902084753-2.130661051694.383152347133.71800983176.88848905759-0.218412074265-0.205144980218-0.7136453777780.5736563254390.19478016641-0.1497567048621.126539855930.131173417770.007827634473090.6634172198410.0126696131326-0.1450915919660.305376350307-0.01421878678670.601578613199-35.9905713854-34.5383433934-13.1850166603
80.6468036173860.598452133911.320423486631.755248598652.638164574227.69841992089-0.0208617024915-0.032526504622-0.0246915398296-0.1100574687890.05913544950470.112262945183-0.357118571730.02375269644880.01376868452370.2936127764810.0493357433479-0.007396602717970.328326911395-0.01478010548160.406485976272-29.8298237775-8.9593409640423.5260761842
93.446878495510.3790495702442.634625584561.55823085580.9712274098082.32637188191-0.113365864711-0.1033928265090.1794756170720.08569564477950.0829395911916-0.152989851713-0.2392429513930.6273829251850.04258374866540.3646689891490.0260003843685-0.04486782326540.388618956361-0.08487466749840.393578428536-17.6832453078-5.4542150771730.1566768649
107.467089097023.511049269973.053034088448.029129926793.323043682584.96212357528-0.4507411319430.6192510159520.159510528849-0.3451444445210.556788799906-0.843349776671-0.4792766272270.697221203509-0.05480120530190.354439615974-0.0370482920559-0.06042678253070.6118153289880.02462838558850.548628442888-54.1728612466-9.75549875801-20.8632475881
117.21926600679-5.53832864340.008537178576124.30072573908-0.7445879589489.38805356763-0.310795822405-0.1139546959820.781518837282-0.453266670393-0.1513099378431.17515327928-0.80534643473-0.3878724163080.2227856698860.428776404307-0.0201100603312-0.129994654680.570593107108-0.04053593267550.703137349473-48.0061027133-20.30072081-7.14931907322
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 20:37)AA20 - 371 - 18
22(chain A and resid 38:107)AA38 - 10719 - 88
33(chain A and resid 108:144)AA108 - 14489 - 123
44(chain A and resid 145:281)AA145 - 281124 - 245
55(chain A and resid 282:310)AA282 - 310246 - 274
66(chain A and resid 311:335)AA311 - 335275 - 299
77(chain A and resid 336:381)AA336 - 381300 - 345
88(chain A and resid 382:436)AA382 - 436346 - 400
99(chain A and resid 437:483)AA437 - 483401 - 447
1010(chain B and resid 2:67)BC2 - 671 - 58
1111(chain B and resid 68:80)BC68 - 8059 - 71
1212(chain B and resid 81:128)BC81 - 12872 - 118
1313(chain B and resid 129:173)BC129 - 173119 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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