PDB-8ahg: PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ahg

タイトル

PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded fragments for hit discovery

要素

Serine/threonine-protein kinase PAK 4

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN KINASE / PAK4 / ATP-BINDING / TECHNOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOQ GTPase cycle / cellular response to organic cyclic compound / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.885 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Murray, J.B. / Hubbard, R.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: PAC-FragmentDEL - photoactivated covalent capture of DNA-encoded fragments for hit discovery.
著者: Ma, H. / Murray, J.B. / Luo, H. / Cheng, X. / Chen, Q. / Song, C. / Duan, C. / Tan, P. / Zhang, L. / Liu, J. / Morgan, B.A. / Li, J. / Wan, J. / Baker, L.M. / Finnie, W. / Guetzoyan, L. / ...

履歴

登録	2022年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ahg.cif.gz	135.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ahg.ent.gz	101.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ahg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ahg_validation.pdf.gz	783.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ahg_full_validation.pdf.gz	787.2 KB	表示
XML形式データ	8ahg_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	8ahg_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aheC 8ahfC 8ahhC 8ahiC 2bvaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (8)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.822, 61.822, 180.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4 分子量: 33380.742 Da / 分子数: 1 / 変異: L310A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-M4I / ~{N}-methyl-3-propan-2-yl-1~{H}-pyrazolo[3,4-c]pyridine-4-carboxamide 分子量: 218.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.94 % / 解説: Prisms
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.8M Na/K tartrate 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日
放射	モノクロメーター: Laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.885→58.496 Å / Num. obs: 27812 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 26.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/av σ(I): 22.7 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 1.885→1.952 Å / 冗長度: 27.2 % / R_merge(I) obs: 3.058 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1390 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.588 / R_rim(I) all: 3.115 / % possible all: 50.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
Aimless	V0.7.7	データスケーリング
Coot	0.9.8	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BVA

2bva

解像度: 1.885→58.496 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.598 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	1387	4.987 %
R_work	0.1785	26424	-
all	0.181	-	-
obs	-	27811	94.908 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.439 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.051 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.051 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.103 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.885→58.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2308	0	16	210	2534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.637	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.524	1.551	5285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.183	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.122	10	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.742	10	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.412	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.204	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.279	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.397	3.982	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.394	3.982	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.159	5.96	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.159	5.963	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.244	4.434	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.242	4.435	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.92	6.48	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.919	6.481	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.424	79.823	10327
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.387	79.178	10175

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.885-1.934	0.302	42	0.282	720	0.284	2129	0.932	0.938	35.7915	0.284
1.934-1.987	0.278	90	0.258	1845	0.259	2059	0.939	0.953	93.9777	0.255
1.987-2.044	0.278	88	0.249	1898	0.25	1986	0.945	0.958	100	0.24
2.044-2.107	0.3	89	0.234	1874	0.237	1963	0.94	0.964	100	0.219
2.107-2.176	0.249	91	0.205	1802	0.207	1893	0.962	0.972	100	0.188
2.176-2.252	0.258	115	0.203	1727	0.206	1842	0.958	0.974	100	0.183
2.252-2.337	0.234	95	0.194	1676	0.196	1771	0.962	0.976	100	0.17
2.337-2.432	0.284	85	0.2	1636	0.204	1721	0.955	0.976	100	0.173
2.432-2.54	0.22	72	0.186	1577	0.187	1649	0.971	0.979	100	0.161
2.54-2.664	0.234	80	0.206	1504	0.208	1584	0.965	0.973	100	0.179
2.664-2.808	0.316	81	0.197	1445	0.203	1526	0.941	0.976	100	0.174
2.808-2.978	0.235	58	0.2	1363	0.201	1421	0.961	0.976	100	0.177
2.978-3.183	0.244	68	0.194	1284	0.197	1352	0.958	0.977	100	0.18
3.183-3.437	0.208	62	0.186	1217	0.186	1279	0.975	0.981	100	0.178
3.437-3.764	0.226	62	0.18	1104	0.183	1166	0.976	0.983	100	0.175
3.764-4.206	0.172	57	0.148	1027	0.149	1084	0.984	0.988	100	0.148
4.206-4.852	0.177	56	0.123	907	0.126	963	0.982	0.991	100	0.13
4.852-5.932	0.196	45	0.154	778	0.156	823	0.979	0.988	100	0.161
5.932-8.347	0.286	31	0.17	640	0.174	671	0.954	0.985	100	0.182
8.347-58.496	0.214	20	0.164	400	0.166	421	0.976	0.981	99.7625	0.208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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