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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8996 | |||||||||
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タイトル | CasX-gRNA-DNA(45bp) state I | |||||||||
マップデータ | CasX-gRNA-DNA(45bp) state I | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Transposase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Deltaproteobacteria (バクテリア) / Deltaproteobacteria bacterium RIFCSPLOWO2_12_FULL_43_16 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu JJ / Orlova N / Nogales E / Doudna JA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors. 著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / ...著者: Jun-Jie Liu / Natalia Orlova / Benjamin L Oakes / Enbo Ma / Hannah B Spinner / Katherine L M Baney / Jonathan Chuck / Dan Tan / Gavin J Knott / Lucas B Harrington / Basem Al-Shayeb / Alexander Wagner / Julian Brötzmann / Brett T Staahl / Kian L Taylor / John Desmarais / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / 要旨: The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of ...The RNA-guided CRISPR-associated (Cas) proteins Cas9 and Cas12a provide adaptive immunity against invading nucleic acids, and function as powerful tools for genome editing in a wide range of organisms. Here we reveal the underlying mechanisms of a third, fundamentally distinct RNA-guided genome-editing platform named CRISPR-CasX, which uses unique structures for programmable double-stranded DNA binding and cleavage. Biochemical and in vivo data demonstrate that CasX is active for Escherichia coli and human genome modification. Eight cryo-electron microscopy structures of CasX in different states of assembly with its guide RNA and double-stranded DNA substrates reveal an extensive RNA scaffold and a domain required for DNA unwinding. These data demonstrate how CasX activity arose through convergent evolution to establish an enzyme family that is functionally separate from both Cas9 and Cas12a. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8996.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8996-v30.xml emd-8996.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8996.png | 108 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8996 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8996_validation.pdf.gz | 438.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8996_full_validation.pdf.gz | 438.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8996_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8996_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8996 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ny2MC 8980C 8987C 8988C 8989C 8990C 8991C 8994C 6ny1C 6ny3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CasX-gRNA-DNA(45bp) state I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CasX-gRNA-DNA(45bp) state I
全体 | 名称: CasX-gRNA-DNA(45bp) state I |
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要素 |
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-超分子 #1: CasX-gRNA-DNA(45bp) state I
超分子 | 名称: CasX-gRNA-DNA(45bp) state I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Deltaproteobacteria (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: CasX
分子 | 名称: CasX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Deltaproteobacteria bacterium RIFCSPLOWO2_12_FULL_43_16 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 113.054359 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEKRINKIRK KLSADNATKP VSRSGPMKTL LVRVMTDDLK KRLEKRRKKP EVMPQVISNN AANNLRMLLD DYTKMKEAIL QVYWQEFKD DHVGLMCKFA QPASKKIDQN KLKPEMDEKG NLTTAGFACS QCGQPLFVYK LEQVSEKGKA YTNYFGRCNV A EHEKLILL ...文字列: MEKRINKIRK KLSADNATKP VSRSGPMKTL LVRVMTDDLK KRLEKRRKKP EVMPQVISNN AANNLRMLLD DYTKMKEAIL QVYWQEFKD DHVGLMCKFA QPASKKIDQN KLKPEMDEKG NLTTAGFACS QCGQPLFVYK LEQVSEKGKA YTNYFGRCNV A EHEKLILL AQLKPEKDSD EAVTYSLGKF GQRALDFYSI HVTKESTHPV KPLAQIAGNR YASGPVGKAL SDACMGTIAS FL SKYQDII IEHQKVVKGN QKRLESLREL AGKENLEYPS VTLPPQPHTK EGVDAYNEVI ARVRMWVNLN LWQKLKLSRD DAK PLLRLK GFPSFPVVER RENEVDWWNT INEVKKLIDA KRDMGRVFWS GVTAEKRNTI LEGYNYLPNE NDHKKREGSL ENPK KPAKR QFGDLLLYLE KKYAGDWGKV FDEAWERIDK KIAGLTSHIE REEARNAEDA QSKAVLTDWL RAKASFVLER LKEMD EKEF YACEIQLQKW YGDLRGNPFA VEAENRVVDI SGFSIGSDGH SIQYRNLLAW KYLENGKREF YLLMNYGKKG RIRFTD GTD IKKSGKWQGL LYGGGKAKVI DLTFDPDDEQ LIILPLAFGT RQGREFIWND LLSLETGLIK LANGRVIEKT IYNKKIG RD EPALFVALTF ERREVVDPSN IKPVNLIGVA RGENIPAVIA LTDPEGCPLP EFKDSSGGPT DILRIGEGYK EKQRAIQA A KEVEQRRAGG YSRKFASKSR NLADDMVRNS ARDLFYHAVT HDAVLVFANL SRGFGRQGKR TFMTERQYTK MEDWLTAKL AYEGLTSKTY LSKTLAQYTS KTCSNCGFTI TTADYDGMLV RLKKTSDGWA TTLNNKELKA EYQITYYNRY KRQTVEKELS AELDRLSEE SGNNDISKWT KGRRDEALFL LKKRFSHRPV QEQFVCLDCG HEVHAAEQAA LNIARSWLFL NSNSTEFKSY K SGKQPFVG AWQAFYKRRL KEVWKPNA |
-分子 #2: DNA (35-MER)
分子 | 名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Deltaproteobacteria (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 10.681896 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) |
-分子 #3: DNA (35-MER)
分子 | 名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Deltaproteobacteria (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 10.644836 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) |
-分子 #4: RNA (112-MER)
分子 | 名称: RNA (112-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Deltaproteobacteria (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 35.995398 KDa |
配列 | 文字列: GCGCGUUUAU UCCAUCUUUG GAGCCAGUCC CAGCGACUAU GUCGUAUGGA CGAAGCGCUU AUUUAUCGGC CGAUAAGUAA AACGCAUCA AAGUGCUGCA GCAGAAAAUC AAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 149361 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |