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万見
- EMDB-8931: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8931
タイトルafTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+
マップデータafTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+
試料
  • 複合体: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+
    • タンパク質・ペプチド: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative
キーワードscramblase / Ca2+-activated / membrane-reorganization / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid scramblase activity / cortical endoplasmic reticulum / phospholipid translocation / chloride channel activity / voltage-gated calcium channel activity / chloride transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-beta plait domain in TMEM16 lipid scramblase / Anoctamin / : / Calcium-activated chloride channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ) / Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Falzone ME / Accardi A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM106717 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural basis of Ca-dependent activation and lipid transport by a TMEM16 scramblase.
著者: Maria E Falzone / Jan Rheinberger / Byoung-Cheol Lee / Thasin Peyear / Linda Sasset / Ashleigh M Raczkowski / Edward T Eng / Annarita Di Lorenzo / Olaf S Andersen / Crina M Nimigean / Alessio Accardi /
要旨: The lipid distribution of plasma membranes of eukaryotic cells is asymmetric and phospholipid scramblases disrupt this asymmetry by mediating the rapid, nonselective transport of lipids down their ...The lipid distribution of plasma membranes of eukaryotic cells is asymmetric and phospholipid scramblases disrupt this asymmetry by mediating the rapid, nonselective transport of lipids down their concentration gradients. As a result, phosphatidylserine is exposed to the outer leaflet of membrane, an important step in extracellular signaling networks controlling processes such as apoptosis, blood coagulation, membrane fusion and repair. Several TMEM16 family members have been identified as Ca-activated scramblases, but the mechanisms underlying their Ca-dependent gating and their effects on the surrounding lipid bilayer remain poorly understood. Here, we describe three high-resolution cryo-electron microscopy structures of a fungal scramblase from , afTMEM16, reconstituted in lipid nanodiscs. These structures reveal that Ca-dependent activation of the scramblase entails global rearrangement of the transmembrane and cytosolic domains. These structures, together with functional experiments, suggest that activation of the protein thins the membrane near the transport pathway to facilitate rapid transbilayer lipid movement.
履歴
登録2018年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月8日-
マップ公開2019年2月6日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6dz7
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.602 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.602 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.602 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0961 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.035463337 - 0.11079124
平均 (標準偏差)0.0006878834 (±0.003573915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 280.6016 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.09610156251.09610156251.0961015625
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.602280.602280.602
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-16-63-38
NX/NY/NZ727975
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0350.1110.001

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添付データ

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追加マップ: unmasked C1 map containing the nanodisc density used...

ファイルemd_8931_additional.map
注釈unmasked C1 map containing the nanodisc density used for membrane analysis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+

全体名称: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+
要素
  • 複合体: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+
    • タンパク質・ペプチド: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative

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超分子 #1: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+

超分子名称: afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aspergillus fumigatus (カビ)
分子量理論値: 168 kDa/nm

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分子 #1: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative

分子名称: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100
分子量理論値: 84.616859 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAFNPAPKAV QENHHVDYVI RFNYGDIDTP EAIKKFEVLL LELSEVGLQT EVRQGDENSL FVFVRAASKK KLKRAVYQSR VRDWLYGVR NTEPEPASSA KPQSEAERLL VIYHLITVPK AEGGAGITPR HGEWKNVDAI FPLHDEETNR QCMREWSKKT F LSTEDLDR ...文字列:
MAFNPAPKAV QENHHVDYVI RFNYGDIDTP EAIKKFEVLL LELSEVGLQT EVRQGDENSL FVFVRAASKK KLKRAVYQSR VRDWLYGVR NTEPEPASSA KPQSEAERLL VIYHLITVPK AEGGAGITPR HGEWKNVDAI FPLHDEETNR QCMREWSKKT F LSTEDLDR IRNTFGEHVG FYFAFLQSYF RFLMFPAAFG FSCWLLLGSF SIIYTVVNCL WCIVFIEYWK RQEEDLSCRW QT KGVSAVH EKRAEFKPEK EIRDESTGEV RGVFPATKRM YRQLLQVPFA LLAAVALGAI IATCFAIEIF ISEVYNGPLK GYL VFIPTI LVSALIPTMS AVLLTVATKL NDYENYETQD AYKVALTQKI FVVNFITSYL PIILTAFVYV PFASRIVPYL DVFH LTVRP FVSKEHAIKA RTEFSINPDR LRKQVIYFTV TAQIVGFALE TIVPFVKQRV FREYKEYTKK QHAKAEPGNG AGEKK TVSL GDDEDEARFL TRVRNEAELE DYDVTDDLRE MCIQFGYLAL FSPVWPLVPV SFLINNWVEL RSDFFKICVE CKRPWP QRA DTIGPWLDSL GFLSWVGSIT SSALVYMFSN GHEGPNGEPT TIRCWALLLT IFFSEHLYLI VRYAVRSALA KLEPPNT RR ERIERFMMRK RYLDTVLSAE SDDDADEVKG VVSSIPPSEI TRESLEQDAR DWSKQGTDPT ERFWMRQRGW KESAEVGL S LITKAKGDET KKQQ

UniProtKB: Plasma membrane channel protein (Aqy1), putative

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細afTMEM16 reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 62.61 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4wis

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70356
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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