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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8772 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Core Factor local refinement from Pol I Initial Transcribing Complex at 4.2 angstrom | ||||||||||||||||||
マップデータ | Core Factor local refinement from Pol I Initial Transcribing Complex | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / TBP-class protein binding / nucleolus ...RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / TBP-class protein binding / nucleolus / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Han Y / He Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structural mechanism of ATP-independent transcription initiation by RNA polymerase I. 著者: Yan Han / Chunli Yan / Thi Hoang Duong Nguyen / Ashleigh J Jackobel / Ivaylo Ivanov / Bruce A Knutson / Yuan He / 要旨: Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a ...Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a structure of Pol I-CF-DNA to 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a bipartite architecture of Core Factor and its recognition of the promoter from -27 to -16. Core Factor's intrinsic mobility correlates well with different conformational states of the Pol I cleft, in addition to the stabilization of either Rrn7 N-terminal domain near Pol I wall or the tandem winged helix domain of A49 at a partially overlapping location. Comparison of the three states in this study with the Pol II system suggests that a ratchet motion of the Core Factor-DNA sub-complex at upstream facilitates promoter melting in an ATP-independent manner, distinct from a DNA translocase actively threading the downstream DNA in the Pol II PIC. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8772.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8772-v30.xml emd-8772.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8772_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8772.png | 214.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8772 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8772 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8772_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8772_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8772_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8772 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8772 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8772.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Core Factor local refinement from Pol I Initial Transcribing Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast Core Factor
全体 | 名称: Yeast Core Factor |
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要素 |
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-超分子 #1: Yeast Core Factor
超分子 | 名称: Yeast Core Factor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: Rrn7
分子 | 名称: Rrn7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA ...文字列: MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA STHLSLPVYT CD YIKWICT AKMPYFQASE ILPKSWRIQL PNYYVSILEG SISPFNGQLY NKIALTCGMI HFK EFFNSE ISCQGLLLKL VMQCALPPEF YFYTKQVIEF EETDIRNLTL WERTDERHTG RVSN HAELR VLSYFMLTIN WMLSFDRDRQ YPLKWILSLT ESLTQRTTTS ESIGRNIVKV VYPDK PTSS DYFQWSEEET LEFLKWMEKQ FLPTQTKSLH NENGSMEMTI DQKIARRKLY KIFPLD REA NHDGEFNDST HQLTFIEDLQ ERYAKQTPFF ESNKIRDSLN YQEANPPARK EAIGRLL TH IASQLLVDFA ISKEQLKDCI SRIKNACLHR MN |
-分子 #2: Rrn11
分子 | 名称: Rrn11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI ...文字列: MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI PLRKMEIPLL HC TKENKLY FQSISRGLEP LKTSTSEVRN YRTRHIVTLT DLLHLNVSRH NWSLAYKIFA TLI RIPGVQ IKSLWGIGVE ILDNLSNSSS GLDFLQWMCQ IYSSKSRFVQ NINYRSIVPP FQTG SRTHT AKFAITYLWS SLINCQKSME PSSNIIDKPF DTENDLLQEL IDKISEWVLT PPFME DAEV WFIYASCHLL KADTLSRQFV NDNKNNDLIG LDRDIKINQV IKHIHYVRTF LKICLD KGG FAVPSRLIEN QLKSFESRLY GEAQDIQERD VANVYDSIDN SSVENSFGDV YETNAEF LD TQLMDLSPED NGLDEMHYSD EDSSE |
-分子 #3: Rrn6
分子 | 名称: Rrn6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM ...文字列: MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM QDAFFWDPTV AN RLDSQYI QTASDLRNYR DGTEIIAYAS GKTGSVLNIA VLTRQNTLHL NRHNNVTSIE LHS PIKSIK IPGASESIGR RSNLVGIITE NSFQIFRIES VHSRSCDVMV SSSEPLYFVE IDDL QVVDF AFNPWDLQQF AIIDIKGNWS IGRIPKNFNN NNKRKLQLID NLHGTIFDPE ELSSW KRIE WFSHFQKILV FDRSKMIEID FMNNWQTEVV QAKAWSNIRD YKRIDDKNGI LLTSRE III VGASESNDPV RRISWKHDLD PDDTTLRITV QKVKKPDHIL LVAFVYSMRH KRIYMHV FS HRKANLFQSL GCSTVLEIPG GTPTGIETIL TLDHIDDESR REEDADENFE LVVDFLVK L RNSSEVYYYA LSNTQNSEPN KQETPIIVDH PEWASLFNNA DEREKESIGA LVSQIKLKE RERISRVQNL IEHENSHDED KYLQDLGYRL SIATNELLES WQKTKDESIL SGSLSHSKLK NLLENSDSF ASIPEFSSLL DQFFQYYQDQ DVTFIGFEKL LHLFLHEDVP GLDIFYNKLL Q CWVLVSPQ AELLTKEIVK DIIWSLARLE KPSLFEPIQN EISRSLSGPY QDIISSWDMD DI NEEDESN EFNFDSQFSA PFNGRPPFNL NSQSQIPTIK SSQSSGLARR KRILKTQSQK ATP LSQSTQ NLSVLPDSMT PAFTLMQPPS SQISFVNDSQ PRNSQKAKKK KKRIRGFG |
-分子 #4: non-template strand DNA
分子 | 名称: non-template strand DNA / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
配列 | 文字列: CAAGTGTGAG GAAAAGTAGT TGGGTTTTTT TTTTTTTTTT TGCAGTTGAA GACA |
-分子 #5: template DNA
分子 | 名称: template DNA / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
配列 | 文字列: TGTCTTCAAC TGCTTTCGCA TGAAGTACCT CCCAACTACT TTTCCTCACA CTTG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil S7/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 56.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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