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万見
- ChemComp-84D: Dibekacin -

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基本情報

登録情報データベース: PDB化学物質要素 / ID: 84D
名称名称: Dibekacin
別称: (1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-[(3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranoside
日化辞名称: ジベカシン
コメント抗生剤*YM

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Chemical information

組成
組成式: C18H37N5O8 / 原子数: 68 / 化学式量: 451.515 / 形式電荷: 0
その他

5u7y
PDB 未公開エントリ

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: 84D / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 5U7Y
履歴
作成2016年12月23日
公開2018年4月11日
Modify synonyms2021年3月13日
外部リンクUniChem / ChemSpider / Brenda / ChEBI / ChEMBL / CompTox / DrugBank / 日化辞 / PubChem / PubChem_TPharma / SureChEMBL / ZINC / Wikipedia search / Google search

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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詳細

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SMILES

ACDLabs 12.01C3C(N)C(OC2C(N)CC(C(OC1OC(C(O)C(C1O)N)CO)C2O)N)OC(C3)CN
CACTVS 3.385NC[CH]1CC[CH](N)[CH](O1)O[CH]2[CH](N)C[CH](N)[CH](O[CH]3O[CH](CO)[CH](O)[CH](N)[CH]3O)[CH]2O
OpenEye OEToolkits 2.0.6C1CC(C(OC1CN)OC2C(CC(C(C2O)OC3C(C(C(C(O3)CO)O)N)O)N)N)N

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SMILES CANONICAL

CACTVS 3.385NC[C@@H]1CC[C@@H](N)[C@H](O1)O[C@@H]2[C@@H](N)C[C@@H](N)[C@H](O[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](N)[C@H]3O)[C@H]2O
OpenEye OEToolkits 2.0.6C1C[C@H]([C@H](O[C@@H]1CN)O[C@@H]2[C@H](C[C@H]([C@@H]([C@H]2O)O[C@@H]3[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O3)CO)O)N)O)N)N)N

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InChI

InChI 1.03InChI=1S/C18H37N5O8/c19-4-6-1-2-7(20)17(28-6)30-15-8(21)3-9(22)16(14(15)27)31-18-13(26)11(23)12(25)10(5-24)29-18/h6-18,24-27H,1-5,19-23H2/t6-,7+,8-,9+,10+,11-,12+,13+,14-,15+,16-,17+,18+/m0/s1

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InChIKey

InChI 1.03JJCQSGDBDPYCEO-XVZSLQNASA-N

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SYSTEMATIC NAME

ACDLabs 12.01(1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-[(3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranoside
OpenEye OEToolkits 2.0.6(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(1~{S},2~{S},3~{R},4~{S},6~{R})-3-[(2~{R},3~{R},6~{S})-6-(aminomethyl)-3-azanyl-oxan-2-yl]oxy-4,6-bis(azanyl)-2-oxidanyl-cyclohexyl]oxy-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)oxane-3,5-diol

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PDBエントリ

全3件を表示しています

PDB-6cav:
Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia in complex with GMPPNP, Magnesium, and Dibekacin

PDB-8ifb:
Dibekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system

PDB-8ifd:
Dibekacin-added human 80S ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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