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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8189 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the full virion of a human rhinovirus C | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of the full virion of a human rhinovirus C | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus / jelly roll | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / endocytosis involved in viral entry into host cell ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport / nucleoside-triphosphate phosphatase / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rhinovirus C (ライノウイルス) / Rhinovirus C15a (ライノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu Y / Hill MG | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Atomic structure of a rhinovirus C, a virus species linked to severe childhood asthma. 著者: Yue Liu / Marchel G Hill / Thomas Klose / Zhenguo Chen / Kelly Watters / Yury A Bochkov / Wen Jiang / Ann C Palmenberg / Michael G Rossmann / 要旨: Isolates of rhinovirus C (RV-C), a recently identified Enterovirus (EV) species, are the causative agents of severe respiratory infections among children and are linked to childhood asthma ...Isolates of rhinovirus C (RV-C), a recently identified Enterovirus (EV) species, are the causative agents of severe respiratory infections among children and are linked to childhood asthma exacerbations. The RV-C have been refractory to structure determination because they are difficult to propagate in vitro. Here, we report the cryo-EM atomic structures of the full virion and native empty particle (NEP) of RV-C15a. The virus has 60 "fingers" on the virus outer surface that probably function as dominant immunogens. Because the NEPs also display these fingers, they may have utility as vaccine candidates. A sequence-conserved surface depression adjacent to each finger forms a likely binding site for the sialic acid on its receptor. The RV-C, unlike other EVs, are resistant to capsid-binding antiviral compounds because the hydrophobic pocket in VP1 is filled with multiple bulky residues. These results define potential molecular determinants for designing antiviral therapeutics and vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8189.map.gz | 395.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8189-v30.xml emd-8189.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8189_fsc.xml | 19.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8189.png | 258.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8189.cif.gz | 7.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8189 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8189 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8189_validation.pdf.gz | 609.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8189_full_validation.pdf.gz | 609 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8189_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8189_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8189 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8189 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of the full virion of a human rhinovirus C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rhinovirus C15a
全体 | 名称: Rhinovirus C15a (ライノウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rhinovirus C15a
超分子 | 名称: Rhinovirus C15a / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: The cDNA of RV-C15 isolate was used to produce RNA transcripts in vitro, which were then used for transfection in HeLa WisL cells. The resultant recombinant RV-C15 virus was adapted in HeLa ...詳細: The cDNA of RV-C15 isolate was used to produce RNA transcripts in vitro, which were then used for transfection in HeLa WisL cells. The resultant recombinant RV-C15 virus was adapted in HeLa cells expressing the RV-C receptor CDHR3 via multiple passage. The derivative was the RV-C15a virus. NCBI-ID: 463676 / 生物種: Rhinovirus C15a / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 8.3 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid (p3) / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rhinovirus C (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 31.802623 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NNDDPVENFV ESTLKEVLVV PDTKPSGPQH TTKPSILGAM EIGASSNATP ESTIETRYVY NTNTNAEADV EMFLGRSALW GKVTLTRQY AKWEINFQEQ AHIRKKFEFF TYLRFDMEVT IVTNNKGLMQ IMFVPPGIDH PETHDDRKWD SASNPSVFFQ P KSGFPRFT ...文字列: NNDDPVENFV ESTLKEVLVV PDTKPSGPQH TTKPSILGAM EIGASSNATP ESTIETRYVY NTNTNAEADV EMFLGRSALW GKVTLTRQY AKWEINFQEQ AHIRKKFEFF TYLRFDMEVT IVTNNKGLMQ IMFVPPGIDH PETHDDRKWD SASNPSVFFQ P KSGFPRFT IPFTGLASAY YMFYDGYDKP KGSDNNEYGI APTNDMGLLC FRTLDNSGGN DVKIYVKPKH ITAWVPRPPR AT QYTHKYS TNYHYKPNSS GPDEHVLKDR HFIKTRPLIS SA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rhinovirus C (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.965037 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GLPTRLPSGS QQFMTTEDEQ SPNILPGFHP SKKIHIPGMI TNVMHMARVD SFIPINNIQG EVGKVSMYYI TVTKKTVTER ILVLPLEMS NTLFATTLLG EVLNYYANWS GSITITFMCV CDAFSTGKFL VAYTPPGGKL PEDRKQAMLG VHIIWDLGLQ S SCTIVVPW ...文字列: GLPTRLPSGS QQFMTTEDEQ SPNILPGFHP SKKIHIPGMI TNVMHMARVD SFIPINNIQG EVGKVSMYYI TVTKKTVTER ILVLPLEMS NTLFATTLLG EVLNYYANWS GSITITFMCV CDAFSTGKFL VAYTPPGGKL PEDRKQAMLG VHIIWDLGLQ S SCTIVVPW ISSGFYRRTK ADSFTHGGYV SLWYQTAFVP PVSGGTGSIL ATCSACPDMS VRMLRDSPMM EQKNELQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rhinovirus C (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.090658 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SPSVEACGYS DRLKQITIGN STITTQDSLH TVLAYGEWPT YLSDIDATSV DKPTHPETSA DRFYTLDSVE WQVGSHGWWW KLPDALKDM GVFGQNMYYH SMGRSGFIIH TQCNATKFHS GALIVAVIPE HQLAYVGGVK VNVGYDHTHP GQSGHQIRGP S QSNDRSGG ...文字列: SPSVEACGYS DRLKQITIGN STITTQDSLH TVLAYGEWPT YLSDIDATSV DKPTHPETSA DRFYTLDSVE WQVGSHGWWW KLPDALKDM GVFGQNMYYH SMGRSGFIIH TQCNATKFHS GALIVAVIPE HQLAYVGGVK VNVGYDHTHP GQSGHQIRGP S QSNDRSGG KPDEDPLFNC NGTLLGNITI FPHQIINLRT NNSSTIVVPY INCVPMDNML KHNNLSLVII PLVPLRPGSS GI NSVPITV TIAPYKSEFS GAMEAQRQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rhinovirus C (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.174758 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GAQVSRQNNG THENGVTASN GSVIKYFNIN YYKDSASSGL SRQDFSQDPS KFTQPLVDTL TNPALM UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 60 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Ultra thin Lacey carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-70 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 8973 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 25.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.7000000000000001 µm 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 14000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-5k0u: |