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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7voj | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Al-bound structure of the AtALMT1 mutant M60A | ||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Aluminum-activated malate transporter 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ALMT1 / Aluminum Resistance / malate transport | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malate transmembrane transport / malate transmembrane transporter activity / plant-type vacuole membrane / response to aluminum ion / monoatomic ion transmembrane transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wang, J. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 9件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis of ALMT1-mediated aluminum resistance in Arabidopsis. 著者: Jiangqin Wang / Xiafei Yu / Zhong Jie Ding / Xiaokang Zhang / Yanping Luo / Ximing Xu / Yuan Xie / Xiaoxiao Li / Tian Yuan / Shao Jian Zheng / Wei Yang / Jiangtao Guo / 要旨: The plant aluminum (Al)-activated malate transporter ALMT1 mediates the efflux of malate to chelate the Al in acidic soils and underlies the plant Al resistance. Here we present cryo-electron ...The plant aluminum (Al)-activated malate transporter ALMT1 mediates the efflux of malate to chelate the Al in acidic soils and underlies the plant Al resistance. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Arabidopsis thaliana ALMT1 (AtALMT1) in the apo, malate-bound, and Al-bound states at neutral and/or acidic pH at up to 3.0 Å resolution. The AtALMT1 dimer assembles an anion channel and each subunit contains six transmembrane helices (TMs) and six cytosolic α-helices. Two pairs of Arg residues are located in the center of the channel pore and contribute to malate recognition. Al binds at the extracellular side of AtALMT1 and induces conformational changes of the TM1-2 loop and the TM5-6 loop, resulting in the opening of the extracellular gate. These structures, along with electrophysiological measurements, molecular dynamic simulations, and mutagenesis study in Arabidopsis, elucidate the structural basis for Al-activated malate transport by ALMT1. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7voj.cif.gz | 150.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7voj.ent.gz | 117 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7voj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7voj_validation.pdf.gz | 901.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7voj_full_validation.pdf.gz | 908.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7voj_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7voj_validation.cif.gz | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56773.551 Da / 分子数: 2 / 変異: M60A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ALMT1, At1g08430, T27G7.11 / プラスミド: pEZT-BM / Cell (発現宿主): human embryonic kidney cells / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9SJE9 #2: 化合物 | ChemComp-ACY / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Al-bound protein sample of the AtALMT1 mutant M60A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 120 kDa/nm / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 細胞内の位置: cell membrane / 器官: root / 組織: root apex | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK-293 / プラスミド: pEZT-BM | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3586060 詳細: about 1,000 particles were manually picked from the micrographs for 2D classification initially. Class averages representing projections of AtALMT1 in different orientations were selected and ...詳細: about 1,000 particles were manually picked from the micrographs for 2D classification initially. Class averages representing projections of AtALMT1 in different orientations were selected and used as templates for automated particle picking | |||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 216946 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |