PDB-7stw: Structure of DPSL (DNA Protection in Starved Cells - Like) from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7stw

タイトル

Structure of DPSL (DNA Protection in Starved Cells - Like) from Pyrococcus furiosus

要素

DNA protection during starvation protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / DPS-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / nucleoid / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Gauvin, C.C. / Waghwani, H.K. / Douglas, T. / Lawrence, C.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of DPSL (DNA Protection in Starved Cells - Like) from Pyrococcus furiosus
著者: Ramsay, B. / Wiedenheft, B. / Allen, M. / Gauss, G.H. / Lawrence, C.M. / Young, M. / Douglas, T.

履歴

登録	2021年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-25437 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-25437 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7stw.cif.gz	374 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7stw.ent.gz	301.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7stw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7stw_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7stw_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7stw_validation.xml.gz	54.2 KB	表示
CIF形式データ	7stw_validation.cif.gz	76.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	25437MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kwo-1 2bkc-1 2xkq-d 1umn-d 2bw1-d 1ji5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA protection during starvation protein

B: DNA protection during starvation protein

C: DNA protection during starvation protein

D: DNA protection during starvation protein

E: DNA protection during starvation protein

F: DNA protection during starvation protein

G: DNA protection during starvation protein

H: DNA protection during starvation protein

I: DNA protection during starvation protein

J: DNA protection during starvation protein

K: DNA protection during starvation protein

L: DNA protection during starvation protein

ヘテロ分子

258 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "B"
d_2	ens_1	chain "F"
d_3	ens_1	chain "C"
d_4	ens_1	chain "D"
d_5	ens_1	chain "E"
d_6	ens_1	chain "H"
d_7	ens_1	chain "G"
d_8	ens_1	chain "A"
d_9	ens_1	chain "I"
d_10	ens_1	chain "J"
d_11	ens_1	chain "K"
d_12	ens_1	chain "L"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ILE	LYS	D	1 - 170
d_1	2	ens_1	ZN	ZN	E
d_2	1	ens_1	ILE	LYS	P	1 - 170
d_2	2	ens_1	ZN	ZN	Q
d_3	1	ens_1	ILE	LYS	G	1 - 170
d_3	2	ens_1	ZN	ZN	H
d_4	1	ens_1	ILE	LYS	J	1 - 170
d_4	2	ens_1	ZN	ZN	K
d_5	1	ens_1	ILE	LYS	M	1 - 170
d_5	2	ens_1	ZN	ZN	N
d_6	1	ens_1	ILE	LYS	V	1 - 170
d_6	2	ens_1	ZN	ZN	W
d_7	1	ens_1	ILE	LYS	S	1 - 170
d_7	2	ens_1	ZN	ZN	T
d_8	1	ens_1	ILE	LYS	A	1 - 170
d_8	2	ens_1	ZN	ZN	B
d_9	1	ens_1	ILE	LYS	Y	1 - 170
d_9	2	ens_1	ZN	ZN	Z
d_10	1	ens_1	ILE	LYS	BA	1 - 170
d_10	2	ens_1	ZN	ZN	CA
d_11	1	ens_1	ILE	LYS	EA	1 - 170
d_11	2	ens_1	ZN	ZN	FA
d_12	1	ens_1	ILE	LYS	HA	1 - 170
d_12	2	ens_1	ZN	ZN	IA

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.499950604097, 0.866053747602, -0.000547474251086), (-0.866053920637, -0.499950506779, 0.000311963349761), (-3.533001103E-6, 0.00063010848677, 0.999999801475)	30.4547846468, 118.930210333, -0.034753321575
2	given	(0.501211654206, 0.865320378216, 0.00274239524558), (0.289894027846, -0.170897068412, 0.941677038388), (0.815320998324, -0.471184502134, -0.336506812176)	-19.3859804661, 0.717602688048, 46.5322302714
3	given	(0.495511844739, 0.287031146194, 0.819805545747), (0.868599001567, -0.161628228724, -0.468414442728), (-0.00194581613279, 0.944187183134, -0.32940366878)	-28.1601073092, 37.7548748936, 15.0890605664
4	given	(0.494060683763, -0.869421467296, 0.00321760238952), (-0.293432542124, -0.163261102561, 0.94193585536), (-0.818413944152, -0.466317622009, -0.335777443289)	69.0669616554, 29.110088312, 127.077794736
5	given	(0.504576232092, -0.284016423637, -0.815314354782), (-0.863365995138, -0.167527854759, -0.475955435224), (-0.00140870428786, 0.944070489415, -0.329740695953)	77.2028356493, 124.465169991, 15.1050192436
6	given	(0.00020001346429, -0.580380706491, 0.814345255729), (-0.579357532652, -0.663818517942, -0.472958586555), (0.815073499357, -0.471702460001, -0.336380706753)	40.6694954676, 135.365071886, 46.517743837
7	given	(0.00749058597946, 0.575991708618, -0.817421214996), (0.574107956461, -0.671774507566, -0.468101554487), (-0.818745348353, -0.465781668368, -0.335713407481)	58.4080097652, 78.4703677088, 127.148061945
8	given	(-0.500651145091, 0.293572700177, 0.814348513003), (-0.281398345374, 0.834451652306, -0.473820019822), (-0.818635084846, -0.466374859607, -0.335158303173)	20.9786322009, 44.5538147999, 127.12532238
9	given	(-0.500090293775, -0.865973262978, 7.6676682144E-5), (0.865973144846, -0.500090174725, 0.000574063463621), (-0.000458778355378, 0.00035348351374, 0.999999832286)	118.251527405, 33.1163379928, 0.0466748729279
10	given	(-0.502347804846, -0.284442224073, -0.816541060897), (0.289683843145, 0.834405245286, -0.468882882669), (0.81469623418, -0.472081039445, -0.3367633267)	127.204293196, 15.9468919858, 46.5654008121
11	given	(-0.999983063318, -0.00340881481185, -0.00471731477626), (-0.00557775743422, 0.329873080097, 0.944008813333), (-0.00166183607037, 0.944019136993, -0.329886506684)	99.633224099, -10.1603877992, 15.1153702418

#1: タンパク質	DNA protection during starvation protein 分子量: 21387.254 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: dps, PF1193 / プラスミド: pET-30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8U1L3, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Dodecameric assembly of DPS-like protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.25632 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Pyrococcus furiosus (古細菌)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET-30a(+)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	120 mM	Sodium chloride	NaCl	1
2	20 mM	Tris	(HOCH₂)₃CNH₂	1

試料

濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force 5 Blot time 4

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS TALOS 詳細: Beam tilt was performed with a 3x3 matrix with corners omitted.
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 2.62 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 77 K
撮影	平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1574 / 詳細: Images were dose-fractionated to have 50 frames

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
phenix.real_space_refine	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	cryoSPARC	3.2	粒子像選択	Manual picking to generate templates, which were then fed into template picker
2	SerialEM	3.8.8	画像取得
4	cryoSPARC	3.2	CTF補正
7	UCSF Chimera	1.15	モデルフィッティング	Fitmap was used
9	cryoSPARC	3.2	初期オイラー角割当	Ab-initio
10	cryoSPARC	3.2	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	3.2	分類
12	cryoSPARC	3.2	３次元再構成
13	PHENIX	1.19	モデル精密化	Real space refine was primarily used

画像処理

詳細: Images were gain normalized in SerialEM

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1812595

対称性

点対称性: T (正4面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 436835 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Workflow involved generating a homology model from 2CLB structure from S. solfataricus with the Pf sequence, using Swiss Model. Then, that homology model was fit to the map density initially ...

原子モデル構築

PDB-ID: 2CLB

2clb

Accession code: 2CLB / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.58 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0023	16920
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4348	22920
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0353	2508
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0035	2976
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.6658	2280

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000707573323418
ens_1	d_3	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000715509361007
ens_1	d_4	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000707451121711
ens_1	d_5	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000702437523294
ens_1	d_6	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.00070358533864
ens_1	d_7	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000711894385023
ens_1	d_8	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000710472292236
ens_1	d_9	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.00070436925189
ens_1	d_10	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000714233457333
ens_1	d_11	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000705747481605
ens_1	d_12	D	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	0.000700461978145

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)