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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s66 | ||||||
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タイトル | Extended conformation of nighttime state KaiC | ||||||
![]() | Circadian clock protein kinase KaiC | ||||||
![]() | CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / AAA ATPase / Circadian Oscillator / Kinase / Phosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
![]() | Sandate, C.R. / Swan, J.A. / Partch, C.L. / Lander, G.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Coupling of distant ATPase domains in the circadian clock protein KaiC. 著者: Jeffrey A Swan / Colby R Sandate / Archana G Chavan / Alfred M Freeberg / Diana Etwaru / Dustin C Ernst / Joseph G Palacios / Susan S Golden / Andy LiWang / Gabriel C Lander / Carrie L Partch / ![]() 要旨: The AAA family member KaiC is the central pacemaker for circadian rhythms in the cyanobacterium Synechococcus elongatus. Composed of two hexameric rings of adenosine triphosphatase (ATPase) domains ...The AAA family member KaiC is the central pacemaker for circadian rhythms in the cyanobacterium Synechococcus elongatus. Composed of two hexameric rings of adenosine triphosphatase (ATPase) domains with tightly coupled activities, KaiC undergoes a cycle of autophosphorylation and autodephosphorylation on its C-terminal (CII) domain that restricts binding of clock proteins on its N-terminal (CI) domain to the evening. Here, we use cryogenic-electron microscopy to investigate how daytime and nighttime states of CII regulate KaiB binding on CI. We find that the CII hexamer is destabilized during the day but takes on a rigidified C-symmetric state at night, concomitant with ring-ring compression. Residues at the CI-CII interface are required for phospho-dependent KaiB association, coupling ATPase activity on CI to cooperative KaiB recruitment. Together, these studies clarify a key step in the regulation of cyanobacterial circadian rhythms by KaiC phosphorylation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 499.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 416.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 82.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 122.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58084.781 Da / 分子数: 6 / 変異: S431E T432A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Extended state hexamer of nighttime state phosphomutant KaiC (KaiC-EA) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.350 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() プラスミド: pET-28b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 |
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緩衝液成分 |
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試料 | Experiment-ID: 1 / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
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試料支持 |
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急速凍結 | 凍結前の試料温度: 277.15 K / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Grids with applied sample were manually blotted with filter paper (Whatman No.1) for 3 seconds in a 4 C cold room before plunge freezing in liquid ethane cooled by liquid nitrogen. / Entry-ID: 7S66 / 湿度: 95 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||||||||
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EM imaging | 加速電圧: 200 kV / アライメント法: COMA FREE / C2レンズ絞り径: 70 µm / 倍率(補正後): 43478 X / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源:
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撮影 | 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1
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画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 36 / 利用したフレーム数/画像: 1-36 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF Refinement performed in Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2016826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91869 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3K0C Accession code: 3K0C / Source name: PDB / タイプ: experimental model |