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- PDB-7rsl: Seipin forms a flexible cage at lipid droplet formation sites -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rsl
タイトルSeipin forms a flexible cage at lipid droplet formation sites
要素Seipin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipid droplets / lipid droplet formation / complex / endoplasmic reticulum / fat storage
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / lipid droplet formation / : / protein localization => GO:0008104 / cortical endoplasmic reticulum / lipid droplet organization / positive regulation of lipid biosynthetic process / lipid metabolic process / endoplasmic reticulum / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Arlt, H. / Sui, X. / Folger, B. / Adams, C. / Chen, X. / Remme, R. / Hamprecht, F.A. / DiMaio, F. / Liao, M. / Goodman, J.M. ...Arlt, H. / Sui, X. / Folger, B. / Adams, C. / Chen, X. / Remme, R. / Hamprecht, F.A. / DiMaio, F. / Liao, M. / Goodman, J.M. / Farese Jr, R.V. / Walther, T.C.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124348 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM084210 米国
German Research Foundation (DFG)AR1164/1-1 米国
American Heart AssociationPOST34030308 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Seipin forms a flexible cage at lipid droplet formation sites.
著者: Henning Arlt / Xuewu Sui / Brayden Folger / Carson Adams / Xiao Chen / Roman Remme / Fred A Hamprecht / Frank DiMaio / Maofu Liao / Joel M Goodman / Robert V Farese / Tobias C Walther /
要旨: Lipid droplets (LDs) form in the endoplasmic reticulum by phase separation of neutral lipids. This process is facilitated by the seipin protein complex, which consists of a ring of seipin monomers, ...Lipid droplets (LDs) form in the endoplasmic reticulum by phase separation of neutral lipids. This process is facilitated by the seipin protein complex, which consists of a ring of seipin monomers, with a yet unclear function. Here, we report a structure of S. cerevisiae seipin based on cryogenic-electron microscopy and structural modeling data. Seipin forms a decameric, cage-like structure with the lumenal domains forming a stable ring at the cage floor and transmembrane segments forming the cage sides and top. The transmembrane segments interact with adjacent monomers in two distinct, alternating conformations. These conformations result from changes in switch regions, located between the lumenal domains and the transmembrane segments, that are required for seipin function. Our data indicate a model for LD formation in which a closed seipin cage enables triacylglycerol phase separation and subsequently switches to an open conformation to allow LD growth and budding.
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24674
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24674
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seipin
B: Seipin
G: Seipin
H: Seipin
E: Seipin
F: Seipin
I: Seipin
J: Seipin
C: Seipin
D: Seipin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,24010
ポリマ－326,24010
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Negative stain and cryoEM microscopy, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area28080 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area113950 Å2

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要素

#1: タンパク質
Seipin / Few lipid droplets protein 1


分子量: 32623.953 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: HAY60 / 遺伝子: SEI1, FLD1, YLR404W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): HAY60 / 参照: UniProt: Q06058

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Seipin; Sei1; Fld1COMPLEXSeipin complex; 10 subunits of monomers (chain A-J) in two alternating conformationsall0RECOMBINANT
2Seipin dimerCOMPLEXDimer of seipin monomers in transmembrane segment conformation A and B (chain A and B). That was used to build the oligomer consisting of 5 dimers (10 monomers).all1RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.33 MDaNO
210.066 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞内の位置Organelle
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932HAY60ER-LD junctionER
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932HAY60ER-LD junctionER
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTris1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 3.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.9 sec. / 電子線照射量: 54.59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12655

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.6画像取得
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 49028 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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