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- PDB-7rr5: Structure of ribosomal complex bound with Rbg1/Tma46 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rr5
タイトルStructure of ribosomal complex bound with Rbg1/Tma46
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 19
  • (60S ribosomal protein ...) x 31
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • A-tRNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 5A
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • P-tRNA
  • RPL10 isoform 1
  • RPL11B isoform 1
  • RPL12A isoform 1
  • RPL24A isoform 1
  • RPL29 isoform 1
  • RPL3 isoform 1
  • RPL32 isoform 1
  • RPL38 isoform 1
  • RPL4A isoform 1
  • RPL5 isoform 1
  • RPP0 isoform 1
  • RPS15 isoform 1
  • RPS1A isoform 1
  • RPS2 isoform 1
  • RPS20 isoform 1
  • RPS22A isoform 1
  • RPS25A isoform 1
  • RPS26B isoform 1
  • RPS28A isoform 1
  • RPS29A isoform 1
  • RPS3 isoform 1
  • RPS8A isoform 1
  • Ribosomal protein L37
  • Ribosome-interacting GTPase 1
  • Rps5p
  • Translation machinery-associated protein 46
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / Rbg1 / Tma46
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) ...positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation elongation factor activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / positive regulation of apoptotic signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ZC3H15/TMA46 family, C-terminal / DRG Family Regulatory Proteins, Tma46 / GTP binding protein, second domain / C-terminal region of MMR_HSR1 domain / GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor, IF5A C-terminal ...ZC3H15/TMA46 family, C-terminal / DRG Family Regulatory Proteins, Tma46 / GTP binding protein, second domain / C-terminal region of MMR_HSR1 domain / GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / TGS domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Beta-grasp domain superfamily / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / S27a-like superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...ASPARTIC ACID / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Rps5p / Small ribosomal subunit protein eS1 / RPS22A isoform 1 / 60S acidic ribosomal protein P0 / RPS31 isoform 1 / RPL38 isoform 1 / RPL10 isoform 1 / RPS29A isoform 1 / RPS20 isoform 1 / RPS2 isoform 1 / 60S ribosomal protein L29 / BJ4_G0051200.mRNA.1.CDS.1 / Eukaryotic translation initiation factor 5A / RPL24A isoform 1 / RPL11B isoform 1 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S26 / RPL5 isoform 1 / 40S ribosomal protein S8 / RPL32 isoform 1 / RPL12A isoform 1 / 40S ribosomal protein S3 / RPL4A isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL3 / RPS15 isoform 1 / RPS28A isoform 1 / BJ4_G0035820.mRNA.1.CDS.1 / 40S ribosomal protein S12 / 60S ribosomal protein L2-B / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L31-A / 40S ribosomal protein S11-B / EM14S01-3B_G0023620.mRNA.1.CDS.1 / 60S ribosomal protein L25 / BJ4_G0018510.mRNA.1.CDS.1 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S14-B / 60S ribosomal protein L23-B / 60S ribosomal protein L16-A / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L34-A / 40S ribosomal protein S10-A / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S0 / 60S ribosomal protein L22-A / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L18-B / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L13 / 40S ribosomal protein S18-B / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S23 / 60S ribosomal protein L42-B / 60S ribosomal protein L17-A / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L6 / EM14S01-3B_G0023350.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0022060.mRNA.1.CDS.1 / 40S ribosomal protein S19-A / EM14S01-3B_G0017920.mRNA.1.CDS.1 / 60S ribosomal protein L7-A / Ubiquitin / EM14S01-3B_G0041280.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0018500.mRNA.1.CDS.1 / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Zeng, F. / Li, X. / Pires-Alves, M. / Chen, X. / Hawk, C.W. / Jin, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM120552 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Conserved heterodimeric GTPase Rbg1/Tma46 promotes efficient translation in eukaryotic cells.
著者: Fuxing Zeng / Xin Li / Melissa Pires-Alves / Xin Chen / Christopher W Hawk / Hong Jin /
要旨: Conserved developmentally regulated guanosine triphosphate (GTP)-binding proteins (Drgs) and their binding partner Drg family regulatory proteins (Dfrps) are important for embryonic development, ...Conserved developmentally regulated guanosine triphosphate (GTP)-binding proteins (Drgs) and their binding partner Drg family regulatory proteins (Dfrps) are important for embryonic development, cellular growth control, differentiation, and proliferation. Here, we report that the yeast Drg1/Dfrp1 ortholog Rbg1/Tma46 facilitates translational initiation, elongation, and termination by suppressing prolonged ribosome pausing. Consistent with the genome-wide observations, deletion of Rbg1 exacerbates the growth defect resulting from translation stalling, and Rbg1 stabilizes mRNAs against no-go decay. Furthermore, we provide a cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the 80S ribosome bound with Rbg1/Tma46 that reveals the molecular interactions responsible for Rbg1/Tma46 function. The Rbg1 subunit binds to the GTPase association center of the ribosome and the A-tRNA, and the N-terminal zinc finger domain of the Tma46 subunit binds to the 40S, establishing an interaction critical for the ribosomal association. Our results answer the fundamental question of how a paused ribosome resumes translation and show that Drg1/Dfrp1 play a critical role in ensuring orderly translation.
履歴
登録2021年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24652
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C1: 25S rRNA
C4: 5S rRNA
C3: 5.8S rRNA
LA: 60S ribosomal protein L2-B
LB: RPL3 isoform 1
LC: RPL4A isoform 1
LD: RPL5 isoform 1
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein L7-A
LG: 60S ribosomal protein L8-A
LH: 60S ribosomal protein L9-A
LI: RPL10 isoform 1
LJ: RPL11B isoform 1
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14-A
LN: 60S ribosomal protein L15-A
LO: 60S ribosomal protein L16-A
LP: 60S ribosomal protein L17-A
LQ: 60S ribosomal protein L18-B
LR: 60S ribosomal protein L19-A
LS: 60S ribosomal protein L20-A
LT: 60S ribosomal protein L21-A
LU: 60S ribosomal protein L22-A
LV: 60S ribosomal protein L23-B
LW: RPL24A isoform 1
LX: 60S ribosomal protein L25
LY: 60S ribosomal protein L26-A
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L28
Lb: RPL29 isoform 1
Lc: 60S ribosomal protein L30
Ld: 60S ribosomal protein L31-A
Le: RPL32 isoform 1
Lf: 60S ribosomal protein L33-A
Lg: 60S ribosomal protein L34-A
Lh: 60S ribosomal protein L35-A
Li: 60S ribosomal protein L36-A
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: RPL38 isoform 1
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ln: 60S ribosomal protein L41-A
Lo: 60S ribosomal protein L42-A
Lp: 60S ribosomal protein L43-A
P0: RPP0 isoform 1
P2: RPL12A isoform 1
C2: 18S rRNA
SA: 40S ribosomal protein S0
SB: RPS1A isoform 1
SC: RPS2 isoform 1
SD: RPS3 isoform 1
SE: 40S ribosomal protein S4
SF: Rps5p
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: RPS8A isoform 1
SJ: 40S ribosomal protein S9-A
SK: 40S ribosomal protein S10-A
SL: 40S ribosomal protein S11-B
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: 40S ribosomal protein S14-B
SP: RPS15 isoform 1
SQ: 40S ribosomal protein S16-A
SR: 40S ribosomal protein S17-A
SS: 40S ribosomal protein S18-B
ST: 40S ribosomal protein S19-A
SU: RPS20 isoform 1
SV: 40S ribosomal protein S21-A
SW: RPS22A isoform 1
SX: 40S ribosomal protein S23
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: RPS25A isoform 1
Sa: RPS26B isoform 1
Sb: 40S ribosomal protein S27-A
Sc: RPS28A isoform 1
Sd: RPS29A isoform 1
Se: 40S ribosomal protein S30
Sf: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Sg: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
A: A-tRNA
P: P-tRNA
m: mRNA
5: Eukaryotic translation initiation factor 5A
R: Ribosome-interacting GTPase 1
T: Translation machinery-associated protein 46
L1: 60S ribosomal protein L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,339,370382
ポリマ－3,331,76387
非ポリマー7,608295
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 C1C4C3C2APm

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024045
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1267176496
#47: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1262303
#81: RNA鎖 A-tRNA


分子量: 24355.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#82: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24445.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Althrough the position 34 is G or A in NCBI database. But it can only be U base on the density. It might be a varient tRNA from the yeast.
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 176436
#83: RNA鎖 mRNA


分子量: 5232.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
60S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 LALELFLGLHLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLXLYLZLaLcLdLfLgLhLiLlLnLoLpL1

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L2-B / BJ4_G0052790.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0056090.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0049790.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0052790.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0056090.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0049790.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0053940.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0053700.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0053690.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0052520.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0055700.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0050520.mRNA.1.CDS.1


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Y8L2
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 20024.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BJ04
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8RJA7
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AF71
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / BJ4_G0055070.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0052010.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0052810.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0055070.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0052010.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0052810.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0052690.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0052670.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0054680.mRNA.1.CDS.1


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZD57
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / BJ4_G0005750.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0003030.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0003100.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0005750.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0003030.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0003100.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0003070.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0003110.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0005910.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0003310.mRNA.1.CDS.1


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BCL1
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18-B / BJ4_G0033900.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0009570.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0033900.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0009570.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036520.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0009590.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031330.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0011980.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0009820.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0036540.mRNA.1.CDS.1


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1A7F6
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YTI6
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / BJ4_G0029820.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0036880.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0027540.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0029820.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0036880.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0027540.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0027300.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0027240.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0039430.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0027440.mRNA.1.CDS.1


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZZW6
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23-B / BJ4_G0004570.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0015890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0012990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0004570.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0015890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0012990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0013350.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0013410.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0001980.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0013350.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0001980.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0013520.mRNA.1.CDS.1


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Z7E4
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / BJ4_G0033830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036700.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036450.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031260. ...BJ4_G0033830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036700.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036450.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031260.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0036470.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YSM0
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZQQ7
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / BJ4_G0040060.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0031990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0032520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0040060.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0031990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0032520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0032350.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0037610.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0034590.mRNA.1.CDS.1


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZDK5
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / BJ4_G0045320.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042370.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043110.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0045320.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042370.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043110.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0042950.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0043010.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0044940.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0042960.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YFR2
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / EM14S01-3B_G0017920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0022850.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0022890.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...EM14S01-3B_G0017920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0022850.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0022890.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0018420.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0020460.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0018560.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1C3H0
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / BJ4_G0003940.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0001280.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0001330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0003940.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0001280.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0001330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0001300.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0001340.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0004140.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0001350.mRNA.1.CDS.1


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZFW3
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / EM14S01-3B_G0041280.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0041880.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0043840.mRNA.1.CDS.1 / Y55_ ...EM14S01-3B_G0041280.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0041880.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0043840.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0041890.mRNA.1.CDS.1


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9BRN0
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1ASX0
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX86
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / BJ4_G0013440.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0055510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0010810.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0013440.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0055510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0010810.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0056520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0010910.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0056250.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0010840.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0001900.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0011070.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1B5X0
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25
#87: タンパク質 60S ribosomal protein L1


分子量: 17889.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Only show the backbone of the protein due to the poor density
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
タンパク質 , 30種, 30分子 LBLCLDLILJLWLbLeLjLkLmP0P2SBSCSDSFSISPSUSWSZSaScSdSfSg5RT

#5: タンパク質 RPL3 isoform 1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q627
#6: タンパク質 RPL4A isoform 1


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3W0
#7: タンパク質 RPL5 isoform 1


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0W8
#12: タンパク質 RPL10 isoform 1


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUZ5
#13: タンパク質 RPL11B isoform 1


分子量: 19785.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYM2
#25: タンパク質 RPL24A isoform 1


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PY83
#30: タンパク質 RPL29 isoform 1


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWR1
#33: タンパク質 RPL32 isoform 1


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1M9
#38: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BIE7
#39: タンパク質 RPL38 isoform 1


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUL8
#41: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8S9K0
#45: タンパク質 RPP0 isoform 1


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PT43
#46: タンパク質 RPL12A isoform 1 / RPL12B isoform 1


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q275
#49: タンパク質 RPS1A isoform 1


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PRY4
#50: タンパク質 RPS2 isoform 1


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWF7
#51: タンパク質 RPS3 isoform 1


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3Q1
#53: タンパク質 Rps5p


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A1L4AA68
#56: タンパク質 RPS8A isoform 1 / RPS8B isoform 1


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1H1
#63: タンパク質 RPS15 isoform 1


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q6F2
#68: タンパク質 RPS20 isoform 1


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PVE9
#70: タンパク質 RPS22A isoform 1


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PSE9
#73: タンパク質 RPS25A isoform 1


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZ18
#74: タンパク質 RPS26B isoform 1


分子量: 13480.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0E8
#76: タンパク質 RPS28A isoform 1


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q700
#77: タンパク質 RPS29A isoform 1


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PV92
#79: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PU37
#80: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / EM14S01-3B_G0023350.mRNA.1.CDS.1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / ...EM14S01-3B_G0023350.mRNA.1.CDS.1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / HLJ1_G0019440.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0019400.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0023940.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0025910.mRNA.1.CDS.1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BKH8
#84: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A / eIF-5A


分子量: 17222.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWZ9
#85: タンパク質 Ribosome-interacting GTPase 1 / EM14S01-3B_G0048290.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0049100.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0048820.mRNA.1.CDS.1 / ...EM14S01-3B_G0048290.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0049100.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0048820.mRNA.1.CDS.1 / Ribosome-interacting GTPase 1 / SX2_G0048910.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0048900.mRNA.1.CDS.1


分子量: 45470.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chromasomally TAP tagged
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS31, PACBIOSEQ_LOCUS32, PACBIOSEQ_LOCUS33, PACBIOSEQ_LOCUS34, SCNYR20_0016002600, SCP684_0016002600
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWT7
#86: タンパク質 Translation machinery-associated protein 46 / BJ4_G0035820.mRNA.1.CDS.1


分子量: 39592.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q867

-
40S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 SASESGSHSJSKSLSMSNSOSQSRSSSTSVSXSYSbSe

#48: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZRP4
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Z3Q0
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AMY1
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1ACT7
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / EM14S01-3B_G0018500.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0023450.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0023480.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_ ...EM14S01-3B_G0018500.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0023450.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0023480.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0021040.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0019160.mRNA.1.CDS.1


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9GPQ3
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / BJ4_G0037630.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0029550.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0040520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0037630.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0029550.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0040520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0040350.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0035120.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0032110.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0040350.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZM59
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S11-B / BJ4_G0017130.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0014240.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0043020.mRNA.1.CDS.1 / ...BJ4_G0017130.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0014240.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0043020.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0014680.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043980.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0014590.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0016810.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0045790.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0014780.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YMX6
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q8I3
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / BJ4_G0046510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0044330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0044100.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0044200. ...BJ4_G0046510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0044330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0044100.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0044200.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0044190.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YFM5
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S14-B / BJ4_G0008710.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0005790.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006090.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0008710.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0005790.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006090.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0006160.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0006140.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0008590.mRNA.1.CDS.1


分子量: 14675.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Z4W4
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / BJ4_G0045230.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0023620.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042280.mRNA.1.CDS.1 / ...BJ4_G0045230.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0023620.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042280.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043020.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0024190.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0042920.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0026180.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0024380.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0042870.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YQ58
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S17-A / EM14S01-3B_G0022060.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0018110.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0018060.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...EM14S01-3B_G0022060.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0018110.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0018060.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0022620.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0024670.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0022810.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BLL7
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S18-B / BJ4_G0020690.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0050070.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0047090.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0020690.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0050070.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0047090.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0047970.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0018040.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0022600.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0047790.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0049690.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0022790.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AIT6
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / BJ4_G0033890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025820.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036760.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0033890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025820.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036760.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036510.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031320.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0028360.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0036530.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BWT3
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0V8
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / BJ4_G0028020.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0041980.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0020410.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0028020.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0041980.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0020410.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0025380.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0034480.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0025390.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0034320.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0039600.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0034430.mRNA.1.CDS.1


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1B1T2
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AUB6
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1A1E1

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非ポリマー , 3種, 295分子

#88: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#89: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#90: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ribosomal complex with Rbg1/Tma46RIBOSOME#1-#870NATURAL
260S subunitCOMPLEX#1-#46, #871NATURAL
340S subunitCOMPLEX#47-#801NATURAL
4Rbg1/Tma46COMPLEX#85-#861NATURAL
5A-tRNACOMPLEX#811NATURAL
6P-tRNACOMPLEX#821NATURAL
7eIF5ACOMPLEX#841NATURAL
8mRNACOMPLEX#831NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
13
31NO
41NO
51NO
61NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
43Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
54Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
65Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
76Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
87Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
98Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2140 mMKCl1
31.5 mMMgCl21
41 %TritonX1001
51 mMDTT1
6100 ug/mlCycloheximide1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
電子光学装置位相板: OTHER

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3.1.0 / カテゴリ: 分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95380 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 146.74 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0023227639
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.661333901
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038141935
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005722230
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.2302102551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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