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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rl0 | |||||||||
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タイトル | Yeast CTP Synthase (URA8) Filament bound to ATP/UTP at low pH | |||||||||
要素 | CTP synthase | |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / glutaminase / amino-ligase / nucleotide metabolism | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoophidium / CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
Model details | cryo-EM D2 reconstruction | |||||||||
データ登録者 | Hansen, J.M. / Lynch, E.M. / Farrell, D.P. / DiMaio, F. / Quispe, J. / Kollman, J.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structures of CTP synthase filaments reveal mechanism of pH-sensitive assembly during budding yeast starvation. 著者: Jesse M Hansen / Avital Horowitz / Eric M Lynch / Daniel P Farrell / Joel Quispe / Frank DiMaio / Justin M Kollman / 要旨: Many metabolic enzymes self-assemble into micron-scale filaments to organize and regulate metabolism. The appearance of these assemblies often coincides with large metabolic changes as in ...Many metabolic enzymes self-assemble into micron-scale filaments to organize and regulate metabolism. The appearance of these assemblies often coincides with large metabolic changes as in development, cancer, and stress. Yeast undergo cytoplasmic acidification upon starvation, triggering the assembly of many metabolic enzymes into filaments. However, it is unclear how these filaments assemble at the molecular level and what their role is in the yeast starvation response. CTP Synthase (CTPS) assembles into metabolic filaments across many species. Here, we characterize in vitro polymerization and investigate in vivo consequences of CTPS assembly in yeast. Cryo-EM structures reveal a pH-sensitive assembly mechanism and highly ordered filament bundles that stabilize an inactive state of the enzyme, features unique to yeast CTPS. Disruption of filaments in cells with non-assembly or pH-insensitive mutations decreases growth rate, reflecting the importance of regulated CTPS filament assembly in homeotstasis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rl0.cif.gz | 2.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rl0.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7rl0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rl0_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rl0_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7rl0_validation.xml.gz | 155 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rl0_validation.cif.gz | 243 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rl0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 24512MC 7rkhC 7rl5C 7rmcC 7rmfC 7rmkC 7rmoC 7rmvC 7rnlC 7rnrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62439.168 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6XHIS c-ter 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3439, SCNYR20_0009027000 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL 参照: UniProt: A0A6A5PYW3, CTP synthase (glutamine hydrolysing) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-UTP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast CTP Synthase (URA8) filament bound to ATP/UTP at low pH タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 256 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21-CodonPlus (DE3)-RIL |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 40474 / 詳細: FSCref0.5 (Phenix Density Modification) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 32 |