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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rhs | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of apo-state of human CNGA3/CNGB3 channel | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / cone / CNG channel / cGMP | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / axon initial segment / sodium channel activity / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / glial cell projection ...inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / axon initial segment / sodium channel activity / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / glial cell projection / cGMP binding / response to magnesium ion / ligand-gated monoatomic ion channel activity / photoreceptor outer segment / transmembrane transporter complex / response to cAMP / visual perception / calcium channel activity / perikaryon / cadherin binding / dendrite / protein-containing complex binding / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng, X. / Yang, J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structure of the human cone photoreceptor cyclic nucleotide-gated channel. 著者: Xiangdong Zheng / Zhengshan Hu / Huan Li / Jian Yang / 要旨: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce light-induced chemical signals into electrical signals in retinal cone and rod photoreceptors. Structures of native CNG channels, which are ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce light-induced chemical signals into electrical signals in retinal cone and rod photoreceptors. Structures of native CNG channels, which are heterotetramers formed by CNGA and CNGB subunits, have not been obtained. In the present study, we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of the human cone CNG channel in the apo closed state. The channel contains three CNGA3 and one CNGB3 subunits. Arg403 in the pore helix of CNGB3 projects into an asymmetric selectivity filter and forms hydrogen bonds with two pore-lining backbone carbonyl oxygens. Arg442 in S6 of CNGB3 protrudes into and occludes the pore below the hydrophobic cavity gate previously observed in homotetrameric CNGA channels. It is interesting that Arg403Gln is a disease mutation, and Arg442 is replaced by glutamine in some animal species with dichromatic or monochromatic vision. These and other unique structural features and the disease link conferred by CNGB3 indicate a critical role of CNGB3 in shaping cone photoresponses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rhs.cif.gz | 338 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rhs.ent.gz | 273.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rhs_validation.pdf.gz | 970.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rhs_full_validation.pdf.gz | 977.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rhs_validation.xml.gz | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rhs_validation.cif.gz | 76.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/7rhs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80233.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNGA3, CNCG3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16281 #2: タンパク質 | | 分子量: 95450.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNGB3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQW8 #3: 糖 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: native human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8.58 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 57.63 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205492 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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