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- PDB-7r81: Structure of the translating Neurospora crassa ribosome arrested ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r81
タイトルStructure of the translating Neurospora crassa ribosome arrested by cycloheximide
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 28
  • (60S ribosomal protein ...) x 34
  • (Ribosomal protein ...) x 6
  • 18S rRNA
  • 26S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60s ribosomal protein
  • Cytoplasmic ribosomal protein 10
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Nascent peptide
  • Probable 40s ribosomal protein s10-b
  • Ribosomal_L28e domain-containing protein
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • hypothetical protein NCU16635 (eL41)
  • mRNA
  • tRNA
キーワードTRANSLATION / Protein Synthesis Inhibitor / Cytosolic Ribosome / Polysomal Ribosome / Peptidyl Transferase Center
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / regulation of cytoplasmic translation / GCN2-mediated signaling / negative regulation of p38MAPK cascade / ribosome hibernation / preribosome / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity ...negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / regulation of cytoplasmic translation / GCN2-mediated signaling / negative regulation of p38MAPK cascade / ribosome hibernation / preribosome / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / preribosome, small subunit precursor / mRNA destabilization / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / signaling receptor activator activity / negative regulation of translational frameshifting / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-membrane adaptor activity / ribosomal small subunit export from nucleus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of autophagy / rescue of stalled cytosolic ribosome / protein kinase C binding / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site ...Ribosomal protein L30e / : / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / : / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3HE / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein ...Chem-3HE / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L35 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ribosomal protein L26 / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L4-A / 60S ribosomal protein L8 / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 60S ribosomal protein L44 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein eS27 / 60S ribosomal protein L2 / 60S ribosomal protein L34 / 60s ribosomal protein / 60S ribosomal protein L18 / 40S ribosomal protein S18 / Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L33 / 60S ribosomal protein L43 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Ribosomal protein L19 / Small ribosomal subunit protein eS28 / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L10 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Ribosomal eL28/Mak16 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL30 / 40S ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L25 / Small ribosomal subunit protein eS25 / 40S ribosomal protein S13 / Large ribosomal subunit protein eL24 / 40S ribosomal protein S9 / Ribosomal protein Srp1 / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L36 / Small ribosomal subunit protein uS9 / 40S ribosomal protein S11 / 60S ribosomal protein L9 / Ribosomal protein S12 / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L14 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Probable 40s ribosomal protein s10-b / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L16 / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L20
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shen, L. / Su, Z. / Yang, K. / Wu, C. / Becker, T. / Bell-Pedersen, D. / Zhang, J. / Sachs, M.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI138158 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126966 米国
Welch FoundationA1863 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structure of the translating ribosome arrested by cycloheximide.
著者: Lunda Shen / Zhaoming Su / Kailu Yang / Cheng Wu / Thomas Becker / Deborah Bell-Pedersen / Junjie Zhang / Matthew S Sachs /
要旨: Ribosomes translate RNA into proteins. The protein synthesis inhibitor cycloheximide (CHX) is widely used to inhibit eukaryotic ribosomes engaged in translation elongation. However, the lack of ...Ribosomes translate RNA into proteins. The protein synthesis inhibitor cycloheximide (CHX) is widely used to inhibit eukaryotic ribosomes engaged in translation elongation. However, the lack of structural data for actively translating polyribosomes stalled by CHX leaves unanswered the question of which elongation step is inhibited. We elucidated CHX's mechanism of action based on the cryo-electron microscopy structure of actively translating ribosomes bound with CHX at 2.7-Å resolution. The ribosome structure from this filamentous fungus contains clearly resolved ribosomal protein eL28, like higher eukaryotes but unlike budding yeast, which lacks eL28. Despite some differences in overall structures, the ribosomes from , yeast, and humans all contain a highly conserved CHX binding site. We also sequenced classic CHX-resistant alleles. These mutations, including one at a residue not previously observed to affect CHX resistance in eukaryotes, were in the large subunit proteins uL15 and eL42 that are part of the CHX-binding pocket. In addition to A-site transfer RNA (tRNA), P-site tRNA, messenger RNA, and CHX that are associated with the translating ribosome, spermidine is present near the CHX binding site close to the E site on the large subunit. The tRNAs in the peptidyl transferase center are in the A/A site and the P/P site. The nascent peptide is attached to the A-site tRNA and not to the P-site tRNA. The structural and functional data obtained show that CHX arrests the ribosome in the classical PRE translocation state and does not interfere with A-site reactivity.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24307
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: 26S rRNA
A2: 18S rRNA
B1: 5S rRNA
B2: 40S ribosomal protein S0
C1: 5.8S rRNA
C2: 40S ribosomal protein S1
D1: 60S ribosomal protein L2
D2: 40S ribosomal protein S2
E1: 60S ribosomal protein L3
E2: Cytoplasmic ribosomal protein 10
F1: 60S ribosomal protein L4-A
F2: 40S ribosomal protein S4
G1: 60S ribosomal protein L5
G2: 40S ribosomal protein S5
H1: 60S ribosomal protein L6
H2: 40S ribosomal protein S6
I1: 60S ribosomal protein L7
I2: 40S ribosomal protein S7
J1: 60S ribosomal protein L8
J2: 40S ribosomal protein S8
K1: 60S ribosomal protein L9
K2: 40S ribosomal protein S9
L1: 60S ribosomal protein L10
L2: Probable 40s ribosomal protein s10-b
M1: 60S ribosomal protein L11
M2: 40S ribosomal protein S11
N1: 60S ribosomal protein L13
N2: 40S ribosomal protein S12
O1: Ribosomal protein L14
O2: 40S ribosomal protein S13
P1: 60S ribosomal protein L15
P2: 40S ribosomal protein S14 (uS11)
Q1: 60S ribosomal protein L16
Q2: Ribosomal protein S12
R1: 60S ribosomal protein L17
R2: 40S ribosomal protein S16
S1: 60S ribosomal protein L18
S2: 40S ribosomal protein S17
T1: Ribosomal protein L19
T2: 40S ribosomal protein S18
U1: 60S ribosomal protein L20
U2: 40S ribosomal protein S19
V1: Ribosomal protein Srp1
V2: 40S ribosomal protein S20
W1: 60S ribosomal protein L22
W2: 40S ribosomal protein S21
X1: 60S ribosomal protein L23
X2: 40S ribosomal protein S22
Y1: 60S ribosomal protein L24
Y2: 40S ribosomal protein S23
Z1: 60S ribosomal protein L25
Z2: 40S ribosomal protein S24
a1: Ribosomal protein L26
a2: 40S ribosomal protein S25
b1: 60S ribosomal protein L27 (eL27)
b2: 40S ribosomal protein S26E
c1: 60S ribosomal protein L28
c2: 40S ribosomal protein S27
d1: 60S ribosomal protein L29
d2: 40S ribosomal protein S28
e1: 60S ribosomal protein L30
e2: 40S ribosomal protein S29
f1: 60s ribosomal protein
f2: 40S ribosomal protein S30
g1: 60S ribosomal protein L32
g2: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
h1: 60S ribosomal protein L33
h2: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
i1: 60S ribosomal protein L34
j1: 60S ribosomal protein L35
k1: 60S ribosomal protein L36
l1: Ribosomal protein L37
m1: 60S ribosomal protein L38
n1: 60S ribosomal protein L39
o1: 60S ribosomal protein L40
p1: hypothetical protein NCU16635 (eL41)
q1: 60S ribosomal protein L44
r1: 60S ribosomal protein L43
s1: Ribosomal_L28e domain-containing protein
t1: tRNA
u1: tRNA
v1: Nascent peptide
w1: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,192,293345
ポリマ－3,185,54783
非ポリマー6,746262
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 A1A2B1C1t1u1w1

#1: RNA鎖 26S rRNA


分子量: 1078431.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: GenBank: 209980056
#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 578821.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: GenBank: 209980056
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38579.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: GenBank: 168880
#5: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50770.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: GenBank: 168899
#80: RNA鎖 tRNA


分子量: 24468.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: One molecule is found in the A-site, and one molecule is found in the P-site. No specific tRNAs are represented in the peptidyltransferase centers of polysomal ribosomes. Therefore, we ...詳細: One molecule is found in the A-site, and one molecule is found in the P-site. No specific tRNAs are represented in the peptidyltransferase centers of polysomal ribosomes. Therefore, we adapted the tRNA model for a eukaryotic ICG-anticodon tRNA that decodes Arg codons (PDB ID: 6T4Q) to model the tRNA densities of both A- and P-site tRNAs.
由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)
#82: RNA鎖 mRNA


分子量: 5159.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: No specific mRNA is represented in the polysomal ribosomes. Therefore, we used Uracil to model the mRNA.
由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)

+
40S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 B2C2D2F2G2H2I2J2K2M2N2O2P2R2S2T2U2V2W2X2Y2Z2a2b2c2d2e2f2

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S0 / Ribosome-associated protein 1


分子量: 31529.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q01291
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S1 / Cytoplasmic ribosomal protein 8


分子量: 29123.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q871N9
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 28807.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S503
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SE03
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 23715.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RVI1
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27395.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5INQ2
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Cytoplasmic ribosomal protein 15


分子量: 22913.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: O43105
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23061.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5IPM8
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 21852.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SDY7
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SFZ2
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 16250.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RV74
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 16904.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SDH0
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S14 (uS11)


分子量: 16025.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DYT5
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15752.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SFJ9
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / CRP3


分子量: 16974.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: P27770
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17806.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RXX0
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16700.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SBD8
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13250.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S3G1
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Cytoplasmic ribosomal protein 7


分子量: 9674.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: O93798
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S22 / Cytoplasmic ribosomal protein 27


分子量: 14846.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RV75
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / Cytoplasmic ribosomal protein 28


分子量: 15944.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9HE74
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15598.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q1K5V9
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 10822.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SC06
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S26E / 13.6 kDa ribosomal protein / CRP5


分子量: 13580.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: P21772
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Cytoplasmic ribosomal protein 6


分子量: 8910.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RVN2
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7735.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S6W5
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6515.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9C2P2
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6912.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5IMG5

+
60S ribosomal protein ... , 34種, 34分子 D1E1F1G1H1I1J1K1L1M1N1P1Q1R1S1U1W1X1Y1Z1b1c1d1e1g1h1i1j1k1m1...

#7: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 27410.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RVQ9
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44131.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: P59671
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A


分子量: 38882.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q1K7B7
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / CPR4


分子量: 34470.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: O59953
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 22516.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SH22
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 28741.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SBD5
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 29427.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q6MFL6
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21787.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SGA6
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 25373.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S7F0
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20123.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RVN0
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23929.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S709
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24250.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q8X034
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L16


分子量: 26184.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5ILK7
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 20802.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9HE25
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 20651.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RXJ4
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20385.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5IQT8
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 14234.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q1K6Z3
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14722.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SHJ9
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 17656.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SDU2
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L25


分子量: 17158.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SBS9
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L27 (eL27)


分子量: 15756.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q1K580
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / CRP1 / L27A / L29


分子量: 16636.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: P08978
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7488.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RZP9
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 11720.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S7F1
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Cytoplasmic ribosomal protein-63


分子量: 15001.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RXY1
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L33


分子量: 12203.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S156
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13225.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RVY8
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14445.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: A7UW39
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11587.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SEP1
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 9169.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q9C2B9
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6283.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S2X9
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L40 / 60S ribosomal protein L40 / variant


分子量: 6092.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5INI1
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L44


分子量: 11945.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RVK8
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L43


分子量: 10154.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S1Z1

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タンパク質 , 6種, 6分子 E2L2f1g2h2s1

#10: タンパク質 Cytoplasmic ribosomal protein 10 / 40S ribosomal protein S3 (uS3)


分子量: 28706.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RV52
#24: タンパク質 Probable 40s ribosomal protein s10-b


分子量: 18463.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q873A6
#63: タンパク質 60s ribosomal protein


分子量: 14097.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7RW15
#66: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 17775.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: P14799
#68: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Cross-pathway control WD-repeat protein cpc-2


分子量: 35173.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q01369
#79: タンパク質 Ribosomal_L28e domain-containing protein


分子量: 16011.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SBB3

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Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 O1Q2T1V1a1l1

#29: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 15885.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SI18
#34: タンパク質 Ribosomal protein S12


分子量: 17419.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SGF1
#39: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22407.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7S5N9
#43: タンパク質 Ribosomal protein Srp1


分子量: 18253.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q7SDY8
#53: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15366.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: Q1K4V7
#72: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10261.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: V5IQ48

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 p1v1

#76: タンパク質・ペプチド hypothetical protein NCU16635 (eL41)


分子量: 3384.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 参照: UniProt: U9WGG3
#81: タンパク質・ペプチド Nascent peptide


分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: No specific nascent peptide is represented in the polysomal ribosomes. Therefore, we used UNK (unknown residue) to represent each residue of the nascent peptide.
由来: (天然) Neurospora crassa (菌類)

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非ポリマー , 3種, 262分子

#83: 化合物 ChemComp-3HE / 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione


分子量: 281.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#84: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34)


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#85: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of the translating Neurospora crassa ribosome arrested by cycloheximideRIBOSOME#1-#820NATURAL
260S ribosomal subunitRIBOSOME#1, #3, #5, #7, #9, #11, #13, #15, #17, #19, #21, #23, #25, #27, #29, #31, #33, #35, #37, #39, #41, #43, #45, #47, #49, #51, #53, #55, #57, #59, #61, #63, #65, #67, #69-#791NATURAL
340S ribosomal subunitRIBOSOME#2, #4, #6, #8, #10, #12, #14, #16, #18, #20, #22, #24, #26, #28, #30, #32, #34, #36, #38, #40, #42, #44, #46, #48, #50, #52, #54, #56, #58, #60, #62, #64, #66, #681NATURAL
4tRNACOMPLEX#801NATURAL
5Nascent peptideCOMPLEX#811NATURAL
6mRNACOMPLEX#821NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Neurospora crassa (菌類)5141
33Neurospora crassa (菌類)5141
44Neurospora crassa (菌類)5141
55Neurospora crassa (菌類)5141
66Neurospora crassa (菌類)5141
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196154 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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