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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pkp | |||||||||
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タイトル | NSP2 RNP complex | |||||||||
要素 | Non-structural protein 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / RNA Chaperone RNA folding Rotavirus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside diphosphate kinase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rotavirus A (ロタウイルス A) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Bravo, J.P.K. / Borodavka, A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structural basis of rotavirus RNA chaperone displacement and RNA annealing. 著者: Jack P K Bravo / Kira Bartnik / Luca Venditti / Julia Acker / Emma H Gail / Alice Colyer / Chen Davidovich / Don C Lamb / Roman Tuma / Antonio N Calabrese / Alexander Borodavka / 要旨: Rotavirus genomes are distributed between 11 distinct RNA molecules, all of which must be selectively copackaged during virus assembly. This likely occurs through sequence-specific RNA interactions ...Rotavirus genomes are distributed between 11 distinct RNA molecules, all of which must be selectively copackaged during virus assembly. This likely occurs through sequence-specific RNA interactions facilitated by the RNA chaperone NSP2. Here, we report that NSP2 autoregulates its chaperone activity through its C-terminal region (CTR) that promotes RNA-RNA interactions by limiting its helix-unwinding activity. Unexpectedly, structural proteomics data revealed that the CTR does not directly interact with RNA, while accelerating RNA release from NSP2. Cryo-electron microscopy reconstructions of an NSP2-RNA complex reveal a highly conserved acidic patch on the CTR, which is poised toward the bound RNA. Virus replication was abrogated by charge-disrupting mutations within the acidic patch but completely restored by charge-preserving mutations. Mechanistic similarities between NSP2 and the unrelated bacterial RNA chaperone Hfq suggest that accelerating RNA dissociation while promoting intermolecular RNA interactions may be a widespread strategy of RNA chaperone recycling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pkp.cif.gz | 433.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pkp.ent.gz | 363.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pkp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/7pkp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36234.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 遺伝子: NSP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A2T3N6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NSP2 RNP complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Rotavirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38252 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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