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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p5v | ||||||
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タイトル | Structure of homomeric LRRC8A Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / LRRC8 family / Volume-Regulated Anion Channel / leucine-rich repeat (ロイシンリッチリピート) / sybody / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / monoatomic anion transport / cell volume homeostasis ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / monoatomic anion transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / 精子形成 / lysosomal membrane / 細胞膜 / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
データ登録者 | Deneka, D. / Rutz, S. / Sawicka, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Allosteric modulation of LRRC8 channels by targeting their cytoplasmic domains. 著者: Dawid Deneka / Sonja Rutz / Cedric A J Hutter / Markus A Seeger / Marta Sawicka / Raimund Dutzler / 要旨: Members of the LRRC8 family form heteromeric assemblies, which function as volume-regulated anion channels. These modular proteins consist of a transmembrane pore and cytoplasmic leucine-rich repeat ...Members of the LRRC8 family form heteromeric assemblies, which function as volume-regulated anion channels. These modular proteins consist of a transmembrane pore and cytoplasmic leucine-rich repeat (LRR) domains. Despite their known molecular architecture, the mechanism of activation and the role of the LRR domains in this process has remained elusive. Here we address this question by generating synthetic nanobodies, termed sybodies, which target the LRR domain of the obligatory subunit LRRC8A. We use these binders to investigate their interaction with homomeric LRRC8A channels by cryo-electron microscopy and the consequent effect on channel activation by electrophysiology. The five identified sybodies either inhibit or enhance activity by binding to distinct epitopes of the LRR domain, thereby altering channel conformations. In combination, our work provides a set of specific modulators of LRRC8 proteins and reveals the role of their cytoplasmic domains as regulators of channel activity by allosteric mechanisms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p5v.cif.gz | 865.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p5v.ent.gz | 745.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94239.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8a, Lrrc8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80WG5 #2: 抗体 | 分子量: 16036.596 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homomeric LRRC8A Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59962 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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