+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p09 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human mitochondrial Lon protease with substrate in the ATPase domain | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE / Protease / Mitochondria / AAA+ | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / endopeptidase La / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid ...oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / endopeptidase La / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid / insulin receptor substrate binding / chaperone-mediated protein complex assembly / DNA polymerase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / mitochondrion organization / protein catabolic process / ADP binding / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / single-stranded RNA binding / response to hypoxia / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Valentin Gese, G. / Shahzad, S. / Hallberg, B.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A dual allosteric pathway drives human mitochondrial Lon 著者: Valentin Gese, G. / Shahzad, S. / Pardo-Hernandez, C. / Wramstedt, A. / Falkenberg, M. / Hallberg, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p09.cif.gz | 588.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7p09.ent.gz | 456.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p09.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p09_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7p09_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p09_validation.xml.gz | 83.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p09_validation.cif.gz | 125.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p09 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98673.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LONP1, PRSS15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36776, endopeptidase La #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Composite map of human mitochondrial LonP1 / タイプ: COMPLEX 詳細: Composite map of three maps refined with a focus on the Lan domains, the ATPase domains and the protease domains, respectively Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.591 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4085: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152455 詳細: This is a combined map from three focused refienements. The Lan domain, the ATPase domain and the protease domain focused maps with a 0.143 FSC resolution of 7.4, 2.7 and 2.75 angstroms. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3M6A PDB chain-ID: A / Accession code: 3M6A / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|