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万見
- PDB-7oe1: 30S ribosomal subunit from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oe1
タイトル30S ribosomal subunit from E. coli
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • 16S rRNA
キーワードRIBOSOME / 30S subunit / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-UTR binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...mRNA 5'-UTR binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S14 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S13 / 30S ribosomal protein S10 / 30S ribosomal protein S16 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Maksimova, E. / Korepanov, A. / Baymukhametov, T. / Kravchenko, O. / Stolboushkina, E.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-20186 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: RbfA Is Involved in Two Important Stages of 30S Subunit Assembly: Formation of the Central Pseudoknot and Docking of Helix 44 to the Decoding Center.
著者: Elena M Maksimova / Alexey P Korepanov / Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Alexander G Myasnikov / Konstantin S Vassilenko / Zhanna A Afonina / Elena A Stolboushkina /
要旨: Ribosome biogenesis is a highly coordinated and complex process that requires numerous assembly factors that ensure prompt and flawless maturation of ribosomal subunits. Despite the increasing amount ...Ribosome biogenesis is a highly coordinated and complex process that requires numerous assembly factors that ensure prompt and flawless maturation of ribosomal subunits. Despite the increasing amount of data collected, the exact role of most assembly factors and mechanistic details of their operation remain unclear, mainly due to the shortage of high-resolution structural information. Here, using cryo-electron microscopy, we characterized 30S ribosomal particles isolated from an   strain with a deleted gene for the RbfA factor. The cryo-EM maps for pre-30S subunits were divided into six classes corresponding to consecutive assembly intermediates: from the particles with a completely unresolved head domain and unfolded central pseudoknot to almost mature 30S subunits with well-resolved body, platform, and head domains and partially distorted helix 44. The structures of two predominant 30S intermediates belonging to most populated classes obtained at 2.7 Å resolutions indicate that RbfA acts at two distinctive 30S assembly stages: early formation of the central pseudoknot including folding of the head, and positioning of helix 44 in the decoding center at a later stage. Additionally, it was shown that the formation of the central pseudoknot may promote stabilization of the head domain, likely through the RbfA-dependent maturation of the neck helix 28. An update to the model of factor-dependent 30S maturation is proposed, suggesting that RfbA is involved in most of the subunit assembly process.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12857
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
H: 30S ribosomal protein S8
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
T: 30S ribosomal protein S20
B: 30S ribosomal protein S2
U: 30S ribosomal protein S21
C: 30S ribosomal protein S3
G: 30S ribosomal protein S7
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
S: 30S ribosomal protein S19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)787,56921
ポリマ－787,56921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area83710 Å2
ΔGint-668 kcal/mol
Surface area272980 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 DEFHKLOPQRTBUCGIJMNS

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XM56
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2YBZ5
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P02358
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XYQ3
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpsK, FAZ83_23205
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2X4T2
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4S5B3M5
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10319.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: C3SSQ8
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XXS6
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4S5APA8
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XHZ3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4S5B3X7
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26650.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2W584
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5F1E8X4
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XYP0
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: C4ZUJ6
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XBM7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XQX6
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2XQ78
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2WD65
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: E3PL00

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 30S ribosomal subunit from E.coli / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.85 MDa
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
13PHENIX1.18.2.-3874モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169371 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 4V4Q / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 4V4Q

4v4q

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1AA
2AB
3AC
4AE
5AF
6AH
7AI
8AJ
9AK
10AG
11AL
12AM
13AN
14AO
15AP
16AQ
17AR
18AT
19AU
20AD
21AS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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