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万見
- PDB-7o6e: 2.12 A cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis Ferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o6e
タイトル2.12 A cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis Ferritin
要素Ferritin BfrB
キーワードMETAL TRANSPORT / Iron storage / Ferroxidase / Bacterial Ferritin / Octahedral symmetry.
機能・相同性
機能・相同性情報


Mtb iron assimilation by chelation / response to nitrosative stress / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding / ferrous iron binding ...Mtb iron assimilation by chelation / response to nitrosative stress / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / peptidoglycan-based cell wall / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / response to hypoxia / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterioferritin BfrB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gijsbers, A. / Zhang, Y. / Gao, Y. / Peters, P.J. / Ravelli, R.B.G.
資金援助European Union, オランダ, 2件
組織認可番号国
European Union (EU)766970European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Mycobacterium tuberculosis ferritin: a suitable workhorse protein for cryo-EM development.
著者: Abril Gijsbers / Yue Zhang / Ye Gao / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli /
要旨: The use of cryo-EM continues to expand worldwide and calls for good-quality standard proteins with simple protocols for their production. Here, a straightforward expression and purification protocol ...The use of cryo-EM continues to expand worldwide and calls for good-quality standard proteins with simple protocols for their production. Here, a straightforward expression and purification protocol is presented that provides an apoferritin, bacterioferritin B (BfrB), from Mycobacterium tuberculosis with high yield and purity. A 2.12 Å resolution cryo-EM structure of BfrB is reported, showing the typical cage-like oligomer constituting of 24 monomers related by 432 symmetry. However, it also contains a unique C-terminal extension (164-181), which loops into the cage region of the shell and provides extra stability to the protein. Part of this region was ambiguous in previous crystal structures but could be built within the cryo-EM map. These findings and this protocol could serve the growing cryo-EM community in characterizing and pushing the limits of their electron microscopes and workflows.
履歴
登録2021年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12738
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12738
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin BfrB
B: Ferritin BfrB
C: Ferritin BfrB
D: Ferritin BfrB
E: Ferritin BfrB
F: Ferritin BfrB
G: Ferritin BfrB
H: Ferritin BfrB
I: Ferritin BfrB
J: Ferritin BfrB
K: Ferritin BfrB
L: Ferritin BfrB
M: Ferritin BfrB
N: Ferritin BfrB
O: Ferritin BfrB
P: Ferritin BfrB
Q: Ferritin BfrB
R: Ferritin BfrB
S: Ferritin BfrB
T: Ferritin BfrB
V: Ferritin BfrB
W: Ferritin BfrB
X: Ferritin BfrB
Y: Ferritin BfrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)491,13424
ポリマ－491,13424
非ポリマー00
水25,0771392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Sample was purified by size exclusion chromatography with a Superdex 200 Increase 10/30 column (GE Healthcare).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area74010 Å2
ΔGint-298 kcal/mol
Surface area157640 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin BfrB / Non-heme ferritin Ftn / Nox19


分子量: 20463.936 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: bfrB / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P9WNE5, ferroxidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium tuberculosis ferritin / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Mycobacterium tuberculosis ferritin / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.490 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C41 / プラスミド: pRSET
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris(HOCH2)3CNH21
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
試料濃度: 11 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Basic direct alignments were done as well as astigmatism and coma alignment using AutoCTF
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 76757 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 105 K / 最低温度: 93 K
撮影平均露光時間: 1.3 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2518
詳細: Images were acquired in superresolution counting mode at a speed of 64 movies/hour and stored as tiff lzw non-gain normalised
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.6.1画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9.4モデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 249563
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 163568 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 28.1 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 3QD8

3qd8


PDB chain-ID: A / Accession code: 3QD8 / Pdb chain residue range: 10-181 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.43 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.017134584
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.092746896
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06965136
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00946384
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.426212720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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