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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nwi | ||||||
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タイトル | Mammalian pre-termination 80S ribosome with Empty-A site bound by Blasticidin S | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Formation of a pool of free 40S subunits / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Formation of a pool of free 40S subunits / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / G1 to G0 transition / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Powers, K.T. / Yadav, S.K.N. / Bufton, J.C. / Schaffitzel, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Blasticidin S inhibits mammalian translation and enhances production of protein encoded by nonsense mRNA. 著者: Kyle T Powers / Flint Stevenson-Jones / Sathish K N Yadav / Beate Amthor / Joshua C Bufton / Ufuk Borucu / Dakang Shen / Jonas P Becker / Daria Lavysh / Matthias W Hentze / Andreas E Kulozik ...著者: Kyle T Powers / Flint Stevenson-Jones / Sathish K N Yadav / Beate Amthor / Joshua C Bufton / Ufuk Borucu / Dakang Shen / Jonas P Becker / Daria Lavysh / Matthias W Hentze / Andreas E Kulozik / Gabriele Neu-Yilik / Christiane Schaffitzel / ![]() ![]() 要旨: Deciphering translation is of paramount importance for the understanding of many diseases, and antibiotics played a pivotal role in this endeavour. Blasticidin S (BlaS) targets translation by binding ...Deciphering translation is of paramount importance for the understanding of many diseases, and antibiotics played a pivotal role in this endeavour. Blasticidin S (BlaS) targets translation by binding to the peptidyl transferase center of the large ribosomal subunit. Using biochemical, structural and cellular approaches, we show here that BlaS inhibits both translation elongation and termination in Mammalia. Bound to mammalian terminating ribosomes, BlaS distorts the 3'CCA tail of the P-site tRNA to a larger extent than previously reported for bacterial ribosomes, thus delaying both, peptide bond formation and peptidyl-tRNA hydrolysis. While BlaS does not inhibit stop codon recognition by the eukaryotic release factor 1 (eRF1), it interferes with eRF1's accommodation into the peptidyl transferase center and subsequent peptide release. In human cells, BlaS inhibits nonsense-mediated mRNA decay and, at subinhibitory concentrations, modulates translation dynamics at premature termination codons leading to enhanced protein production. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.8 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 32種, 32分子 ABFHLOPQSTVXacdefhkorstEEKKOOQQRRTTUUVVff
-60S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 CDEGIRUWZbgimn
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 47727.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 33055.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 27480.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | ![]() 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | ![]() 分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | ![]() 分子量: 15538.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | ![]() 分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | ![]() 分子量: 26708.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | ![]() 分子量: 14210.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | ![]() 分子量: 13546.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | ![]() 分子量: 14695.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#39: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 3213.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Ribosomal protein ... , 15種, 15分子 JMNYjlpFFHHNNSSWWXXddgg
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 20670.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | ![]() 分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | ![]() 分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | ![]() 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#37: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | ![]() 分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | ![]() 分子量: 23044.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | ![]() 分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#58: タンパク質 | ![]() 分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#63: タンパク質 | ![]() 分子量: 16170.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#67: タンパク質 | ![]() 分子量: 15778.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#68: タンパク質 | ![]() 分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#74: タンパク質 | ![]() 分子量: 6364.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#77: タンパク質 | ![]() 分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-40S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 AABBCCDDGGIIJJLLMMPPYYZZaabbccee
#45: タンパク質 | ![]() 分子量: 32927.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#46: タンパク質 | ![]() 分子量: 29942.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | ![]() 分子量: 27956.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | ![]() 分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: G1TNM3, ![]() |
#51: タンパク質 | ![]() 分子量: 30070.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#53: タンパク質 | ![]() 分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#54: タンパク質 | ![]() 分子量: 22655.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#56: タンパク質 | ![]() 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#57: タンパク質 | ![]() 分子量: 13766.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#60: タンパク質 | ![]() 分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#69: タンパク質 | ![]() 分子量: 17007.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#70: タンパク質 | ![]() 分子量: 13581.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#71: タンパク質 | ![]() 分子量: 13147.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#72: タンパク質 | ![]() 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#73: タンパク質 | ![]() 分子量: 7776.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#75: タンパク質 | ![]() 分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 1
#78: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1788.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 6種, 6分子 25789K
#79: RNA鎖 | 分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#80: RNA鎖 | 分子量: 1226739.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#81: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#82: RNA鎖 | ![]() 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#83: RNA鎖 | ![]() 分子量: 573221.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#84: RNA鎖 | ![]() 分子量: 3225.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 216分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/BLS.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/BLS.gif)
#85: 化合物 | ChemComp-MG / #86: 化合物 | ChemComp-ZN / #87: 化合物 | ChemComp-BLS / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mammalian pre-termination 80S ribosome with Empty-A site bound by Blasticidin S タイプ: RIBOSOME 詳細: Rabbit reticulocyte lysate derived (in vitro transcription-FLAG affinity purified) ribosomal complex. Entity ID: #1-#2, #4-#8, #10-#14, #16-#20, #22-#31, #33-#34, #36-#37, #39, #42-#79 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 3.8 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 50 mM HEPES pH 7.4 100 mM KOAc 5 mM Mg(Oac)2 1mM DTT |
試料 | 濃度: 0.63 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K 詳細: 30s sample incubation on grid followed by 1.1s blotting time. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA 詳細: Collected in super-resolution mode (0.675A pixel size) |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 41.92 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3500 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 730463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103842 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JAH | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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