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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nha | ||||||||||||
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タイトル | 1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Endonuclease and priming loop ordered (Class2a) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Influenza / RNA polymerase / H1N1 / 1918 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm ...IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Keown, J.R. / Carrique, L. / Fodor, E. / Grimes, J.M. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies. 著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes / 要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA-dependent RNA polymerase which transcribes and replicates the viral RNA genome. The polymerase undergoes conformational rearrangements and interacts with viral and host proteins to perform these functions. Here we determine the structure of the 1918 influenza virus polymerase in transcriptase and replicase conformations using cryo-electron microscopy (cryo-EM). We then structurally and functionally characterise the binding of single-domain nanobodies to the polymerase of the 1918 pandemic influenza virus. Combining these functional and structural data we identify five sites on the polymerase which are sensitive to inhibition by nanobodies. We propose that the binding of nanobodies at these sites either prevents the polymerase from assuming particular functional conformations or interactions with viral or host factors. The polymerase is highly conserved across the influenza A subtypes, suggesting these sites as effective targets for potential influenza antiviral development. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nha.cif.gz | 613.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nha.ent.gz | 485.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/7nha | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 12322MC 7nfqC 7nfrC 7nftC 7nhcC 7nhxC 7ni0C 7nikC 7nilC 7nirC 7nisC 7nj3C 7nj4C 7nj5C 7nj7C 7nk1C 7nk2C 7nk4C 7nk6C 7nk8C 7nkaC 7nkcC 7nkiC 7nkrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82707.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: PA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q3HM39, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 86625.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: PB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q3HM40, RNA-directed RNA polymerase |
#3: 抗体 | 分子量: 102377.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 / 遺伝子: PB2, spa 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q3HM41, UniProt: P38507 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 5335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) Tax ID 88776 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#5: RNA鎖 | 分子量: 4862.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) Tax ID 88776 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 3.5 second blot and 3 microlitres sample. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 61.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9413 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2854501 詳細: Initial automated blob picking followed by template picking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144328 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 108.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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