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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ngb | ||||||
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タイトル | Structure of Wild-Type Human Potassium Chloride Transporter KCC3 in NaCl (LMNG/CHS) | ||||||
要素 | Isoform 2 of Solute carrier family 12 member 6 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / CCC / transporter / human membrane protein / homodimer / KCC3 / KCC / potassium-chloride coupled transporter / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane ...Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / potassium ion transmembrane transport / cellular response to glucose stimulus / basolateral plasma membrane / angiogenesis / chemical synaptic transmission / axon / synapse / protein kinase binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, G. / Man, H. / Pike, A.C.W. / Wang, D. / McKinley, G. / Mukhopadhyay, S.M.M. / MacLean, E.M. / Chalk, R. / Moreau, C. / Snee, M. ...Chi, G. / Man, H. / Pike, A.C.W. / Wang, D. / McKinley, G. / Mukhopadhyay, S.M.M. / MacLean, E.M. / Chalk, R. / Moreau, C. / Snee, M. / Abrusci, P. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Marsden, B.D. / Burgess-Brown, N.A. / Duerr, K.L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Phospho-regulation, nucleotide binding and ion access control in potassium-chloride cotransporters. 著者: Gamma Chi / Rebecca Ebenhoch / Henry Man / Haiping Tang / Laurence E Tremblay / Gabriella Reggiano / Xingyu Qiu / Tina Bohstedt / Idlir Liko / Fernando G Almeida / Alexandre P Garneau / Dong ...著者: Gamma Chi / Rebecca Ebenhoch / Henry Man / Haiping Tang / Laurence E Tremblay / Gabriella Reggiano / Xingyu Qiu / Tina Bohstedt / Idlir Liko / Fernando G Almeida / Alexandre P Garneau / Dong Wang / Gavin McKinley / Christophe P Moreau / Kiran D Bountra / Patrizia Abrusci / Shubhashish M M Mukhopadhyay / Alejandra Fernandez-Cid / Samira Slimani / Julie L Lavoie / Nicola A Burgess-Brown / Ben Tehan / Frank DiMaio / Ali Jazayeri / Paul Isenring / Carol V Robinson / Katharina L Dürr / 要旨: Potassium-coupled chloride transporters (KCCs) play crucial roles in regulating cell volume and intracellular chloride concentration. They are characteristically inhibited under isotonic conditions ...Potassium-coupled chloride transporters (KCCs) play crucial roles in regulating cell volume and intracellular chloride concentration. They are characteristically inhibited under isotonic conditions via phospho-regulatory sites located within the cytoplasmic termini. Decreased inhibitory phosphorylation in response to hypotonic cell swelling stimulates transport activity, and dysfunction of this regulatory process has been associated with various human diseases. Here, we present cryo-EM structures of human KCC3b and KCC1, revealing structural determinants for phospho-regulation in both N- and C-termini. We show that phospho-mimetic KCC3b is arrested in an inward-facing state in which intracellular ion access is blocked by extensive contacts with the N-terminus. In another mutant with increased isotonic transport activity, KCC1Δ19, this interdomain interaction is absent, likely due to a unique phospho-regulatory site in the KCC1 N-terminus. Furthermore, we map additional phosphorylation sites as well as a previously unknown ATP/ADP-binding pocket in the large C-terminal domain and show enhanced thermal stabilization of other CCCs by adenine nucleotides. These findings provide fundamentally new insights into the complex regulation of KCCs and may unlock innovative strategies for drug development. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ngb.cif.gz | 331.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ngb.ent.gz | 241.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ngb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ngb_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ngb_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ngb_validation.xml.gz | 63.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ngb_validation.cif.gz | 94 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/7ngb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/7ngb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 122217.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC12A6, KCC3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHW9 #2: 多糖 | #3: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homodimeric membrane protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.24 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 37.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3155 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 | |||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175990 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |