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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n8o | ||||||
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タイトル | High-resolution structure of photosystem II from the mesophilic cyanobacterium, Synechocystis sp. PCC 6803 | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / Cyanobacteria / Synechocystis 6803 / Mesophile / CyanoQ | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / extrinsic component of membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Gisriel, C.J. / Brudvig, G.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: High-resolution cryo-electron microscopy structure of photosystem II from the mesophilic cyanobacterium, sp. PCC 6803. 著者: Christopher J Gisriel / Jimin Wang / Jinchan Liu / David A Flesher / Krystle M Reiss / Hao-Li Huang / Ke R Yang / William H Armstrong / M R Gunner / Victor S Batista / Richard J Debus / Gary W Brudvig / 要旨: Photosystem II (PSII) enables global-scale, light-driven water oxidation. Genetic manipulation of PSII from the mesophilic cyanobacterium sp. PCC 6803 has provided insights into the mechanism of ...Photosystem II (PSII) enables global-scale, light-driven water oxidation. Genetic manipulation of PSII from the mesophilic cyanobacterium sp. PCC 6803 has provided insights into the mechanism of water oxidation; however, the lack of a high-resolution structure of oxygen-evolving PSII from this organism has limited the interpretation of biophysical data to models based on structures of thermophilic cyanobacterial PSII. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of PSII from sp. PCC 6803 at 1.93-Å resolution. A number of differences are observed relative to thermophilic PSII structures, including the following: the extrinsic subunit PsbQ is maintained, the C terminus of the D1 subunit is flexible, some waters near the active site are partially occupied, and differences in the PsbV subunit block the Large (O1) water channel. These features strongly influence the structural picture of PSII, especially as it pertains to the mechanism of water oxidation. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 7n8o.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n8o.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n8o_validation.pdf.gz | 8.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n8o_full_validation.pdf.gz | 9.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7n8o_validation.xml.gz | 253.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n8o_validation.cif.gz | 335.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/7n8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/7n8o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoRrTtUuXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 39744.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P16033, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 55954.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P05429 #3: タンパク質 | 分子量: 50344.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09193 #4: タンパク質 | 分子量: 39519.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09192, photosystem II #7: タンパク質 | 分子量: 7120.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P14835 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4338.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q54697 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3976.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P73070 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5114.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P15819 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4476.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55354 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3910.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72701 #13: タンパク質 | 分子量: 26959.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P10549 #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4204.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P73676 #16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3571.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74787 #17: タンパク質 | 分子量: 14256.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55332 #19: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4189.036 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72575 #20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4143.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55438 #21: タンパク質 | 分子量: 6736.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P73528 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9454.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09190 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4935.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P09191 |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 QqVv
#14: タンパク質 | 分子量: 16494.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P73048 #18: タンパク質 | 分子量: 17901.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q55013 |
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-糖 , 2種, 70分子
#31: 糖 | ChemComp-LMT / #34: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 15種, 1394分子
#22: 化合物 | #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-CL / #25: 化合物 | ChemComp-CLA / #26: 化合物 | ChemComp-PHO / #27: 化合物 | ChemComp-BCR / #28: 化合物 | ChemComp-LMG / #29: 化合物 | ChemComp-PL9 / #30: 化合物 | ChemComp-SQD / #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-LHG / #35: 化合物 | ChemComp-HEM / #36: 化合物 | ChemComp-CA / #37: 化合物 | #38: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 1.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 202844 / 対称性のタイプ: POINT |