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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n3o | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Cas12k-sgRNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR Cas / RNA binding protein / protein-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Scytonema hofmannii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, L. / Li, Z. / Xiao, R. / Wang, S. / Han, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural basis of target DNA recognition by CRISPR-Cas12k for RNA-guided DNA transposition. 著者: Renjian Xiao / Shukun Wang / Ruijie Han / Zhuang Li / Clinton Gabel / Indranil Arun Mukherjee / Leifu Chang / 要旨: The type V-K CRISPR-Cas system, featured by Cas12k effector with a naturally inactivated RuvC domain and associated with Tn7-like transposon for RNA-guided DNA transposition, is a promising tool for ...The type V-K CRISPR-Cas system, featured by Cas12k effector with a naturally inactivated RuvC domain and associated with Tn7-like transposon for RNA-guided DNA transposition, is a promising tool for precise DNA insertion. To reveal the mechanism underlying target DNA recognition, we determined a cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of Cas12k from cyanobacteria Scytonema hofmanni in complex with a single guide RNA (sgRNA) and a double-stranded target DNA. Coupled with mutagenesis and in vitro DNA transposition assay, our results revealed mechanisms for the recognition of the GGTT protospacer adjacent motif (PAM) sequence and the structural elements of Cas12k critical for RNA-guided DNA transposition. These structural and mechanistic insights should aid in the development of type V-K CRISPR-transposon systems as tools for genome editing. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n3o.cif.gz | 200.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n3o.ent.gz | 148.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n3o_validation.pdf.gz | 861.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n3o_full_validation.pdf.gz | 872.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7n3o_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n3o_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73280.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Scytonema hofmannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 85261.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183870 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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