+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mdx | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | LolCDE nucleotide-free | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ATP binding cassette transporter / ABC transporter / inner membrane / protein transport | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / lipoprotein transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space ...lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / lipoprotein transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sharma, S. / Liao, M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Mechanism of LolCDE as a molecular extruder of bacterial triacylated lipoproteins. 著者: Stuti Sharma / Ruoyu Zhou / Li Wan / Shan Feng / KangKang Song / Chen Xu / Yanyan Li / Maofu Liao / 要旨: Lipoproteins are important for bacterial growth and antibiotic resistance. These proteins use lipid acyl chains attached to the N-terminal cysteine residue to anchor on the outer surface of ...Lipoproteins are important for bacterial growth and antibiotic resistance. These proteins use lipid acyl chains attached to the N-terminal cysteine residue to anchor on the outer surface of cytoplasmic membrane. In Gram-negative bacteria, many lipoproteins are transported to the outer membrane (OM), a process dependent on the ATP-binding cassette (ABC) transporter LolCDE which extracts the OM-targeted lipoproteins from the cytoplasmic membrane. Lipid-anchored proteins pose a unique challenge for transport machinery as they have both hydrophobic lipid moieties and soluble protein component, and the underlying mechanism is poorly understood. Here we determined the cryo-EM structures of nanodisc-embedded LolCDE in the nucleotide-free and nucleotide-bound states at 3.8-Å and 3.5-Å resolution, respectively. The structural analyses, together with biochemical and mutagenesis studies, uncover how LolCDE recognizes its substrate by interacting with the lipid and N-terminal peptide moieties of the lipoprotein, and identify the amide-linked acyl chain as the key element for LolCDE interaction. Upon nucleotide binding, the transmembrane helices and the periplasmic domains of LolCDE undergo large-scale, asymmetric movements, resulting in extrusion of the captured lipoprotein. Comparison of LolCDE and MacB reveals the conserved mechanism of type VII ABC transporters and emphasizes the unique properties of LolCDE as a molecule extruder of triacylated lipoproteins. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mdx.cif.gz | 223.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7mdx.ent.gz | 174.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mdx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mdx_validation.pdf.gz | 847.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7mdx_full_validation.pdf.gz | 863.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mdx_validation.xml.gz | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mdx_validation.cif.gz | 59 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/7mdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/7mdx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Lipoprotein-releasing system transmembrane protein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42530.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lolC, ycfU, b1116, JW5161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADC3 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 44200.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lolE, ycfW, b1118, JW1104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75958 |
-タンパク質 / Polypeptide(D) , 2種, 3分子 DCE
#3: タンパク質 | 分子量: 23823.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lolD, ycfV, b1117, JW5162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P75957, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う #4: Polypeptide(D) | | 分子量: 492.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
---|
-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-F15 / |
---|---|
#6: 化合物 | ChemComp-ZM5 / ( 分子量: 526.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H62O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lipo-releasing system transmembrane protein lolC (E.C.3.6.3.-), Lipoprotein-releasing system transmembrane protein (E.C.3.6.3.-), Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD (E.C.7. ...名称: Lipo-releasing system transmembrane protein lolC (E.C.3.6.3.-), Lipoprotein-releasing system transmembrane protein (E.C.3.6.3.-), Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD (E.C.7.6.2.-), Triacyl-lipoprotein タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 値: 130 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104875 / 対称性のタイプ: POINT |