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万見
- PDB-7m4r: Structural basis for SARS-CoV-2 envelope protein in recognition o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m4r
タイトルStructural basis for SARS-CoV-2 envelope protein in recognition of human cell junction protein PALS1
要素
  • Envelope small membrane protein
  • MAGUK p55 subfamily member 5
キーワードCELL ADHESION/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 envelope protein / PDZ-binding motif / complex / pathogen-host interaction / CELL ADHESION-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to myelin sheath abaxonal region / disruption of cellular anatomical structure in another organism / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / viral budding from Golgi membrane / myelin assembly / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction ...protein localization to myelin sheath abaxonal region / disruption of cellular anatomical structure in another organism / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / viral budding from Golgi membrane / myelin assembly / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / myelin sheath adaxonal region / Regulation of gap junction activity / lateral loop / Schmidt-Lanterman incisure / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / peripheral nervous system myelin maintenance / apical junction complex / generation of neurons / central nervous system neuron development / host cell Golgi membrane / bicellular tight junction / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Maturation of protein E / protein localization to plasma membrane / adherens junction / cerebral cortex development / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / gene expression / perikaryon / Attachment and Entry / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain ...L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein / Protein PALS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Liu, Q. / Chai, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for SARS-CoV-2 envelope protein recognition of human cell junction protein PALS1.
著者: Jin Chai / Yuanheng Cai / Changxu Pang / Liguo Wang / Sean McSweeney / John Shanklin / Qun Liu /
要旨: The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus, has created global health and economic emergencies. SARS-CoV-2 viruses promote their own spread and virulence by hijacking human proteins, which ...The COVID-19 pandemic, caused by the SARS-CoV-2 virus, has created global health and economic emergencies. SARS-CoV-2 viruses promote their own spread and virulence by hijacking human proteins, which occurs through viral protein recognition of human targets. To understand the structural basis for SARS-CoV-2 viral-host protein recognition, here we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a complex structure of the human cell junction protein PALS1 and SARS-CoV-2 viral envelope (E) protein. Our reported structure shows that the E protein C-terminal DLLV motif recognizes a pocket formed exclusively by hydrophobic residues from the PDZ and SH3 domains of PALS1. Our structural analysis provides an explanation for the observation that the viral E protein recruits PALS1 from lung epithelial cell junctions. In addition, our structure provides novel targets for peptide- and small-molecule inhibitors that could block the PALS1-E interactions to reduce E-mediated virulence.
履歴
登録2021年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年3月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23665
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAGUK p55 subfamily member 5
B: MAGUK p55 subfamily member 5
C: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6233
ポリマ－91,6233
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 MAGUK p55 subfamily member 5 / cell junction protein PALS1


分子量: 44780.504 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 236-410,461-675 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPP5, PALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N3R9
#2: タンパク質・ペプチド Envelope small membrane protein / E / sM protein


分子量: 2062.395 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 58-75 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC4
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex structure of SARS-CoV-2 envelope protein Ec18 and human PALS1 PSG domains
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47615 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0075194
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7747034
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.882701
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.049774
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005927

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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