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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lid | ||||||
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タイトル | The structure of the insect olfactory receptor OR5 from Machilis hrabei in complex with eugenol | ||||||
要素 | MhOR5 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / olfactory receptor / ion channel / eugenol | ||||||
機能・相同性 | 2-methoxy-4-(prop-2-en-1-yl)phenol 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Machilis hrabei (昆虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | del Marmol, J. / Ruta, V. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: The structural basis of odorant recognition in insect olfactory receptors. 著者: Josefina Del Mármol / Mackenzie A Yedlin / Vanessa Ruta / 要旨: Olfactory systems must detect and discriminate amongst an enormous variety of odorants. To contend with this challenge, diverse species have converged on a common strategy in which odorant identity ...Olfactory systems must detect and discriminate amongst an enormous variety of odorants. To contend with this challenge, diverse species have converged on a common strategy in which odorant identity is encoded through the combinatorial activation of large families of olfactory receptors, thus allowing a finite number of receptors to detect a vast chemical world. Here we offer structural and mechanistic insight into how an individual olfactory receptor can flexibly recognize diverse odorants. We show that the olfactory receptor MhOR5 from the jumping bristletail Machilis hrabei assembles as a homotetrameric odorant-gated ion channel with broad chemical tuning. Using cryo-electron microscopy, we elucidated the structure of MhOR5 in multiple gating states, alone and in complex with two of its agonists-the odorant eugenol and the insect repellent DEET. Both ligands are recognized through distributed hydrophobic interactions within the same geometrically simple binding pocket located in the transmembrane region of each subunit, suggesting a structural logic for the promiscuous chemical sensitivity of this receptor. Mutation of individual residues lining the binding pocket predictably altered the sensitivity of MhOR5 to eugenol and DEET and broadly reconfigured the receptor's tuning. Together, our data support a model in which diverse odorants share the same structural determinants for binding, shedding light on the molecular recognition mechanisms that ultimately endow the olfactory system with its immense discriminatory capacity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lid.cif.gz | 271.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lid.ent.gz | 219.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lid_validation.pdf.gz | 997.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lid_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lid_validation.xml.gz | 48.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lid_validation.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/7lid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/7lid | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53736.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Machilis hrabei (昆虫) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 化合物 | ChemComp-EOL / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homotetrameric olfactory receptor MhOR5 in complex with eugenol タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Machilis hrabei (昆虫) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 濃度: 0.5 mM / 名称: eugenol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54900 / 対称性のタイプ: POINT |