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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7li9 | |||||||||
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タイトル | 5-HT bound serotonin transporter reconstituted in lipid nanodisc in KCl | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / serotonin (セロトニン) / transport / KCl / inward | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / serotonergic synapse / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic ...negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / serotonergic synapse / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / serotonin uptake / enteric nervous system development / monoamine transmembrane transporter activity / cellular response to cGMP / monoamine transport / negative regulation of organ growth / sodium ion binding / serotonin binding / 血管収縮 / 神経伝達物質輸送体 / brain morphogenesis / antiporter activity / syntaxin-1 binding / nitric-oxide synthase binding / 脱分極 / social behavior / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of neuron differentiation / 細胞内膜系 / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / monoatomic cation channel activity / response to nutrient / 記憶 / response to toxic substance / 血小板 / 概日リズム / actin filament binding / integrin binding / response to estradiol / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / response to hypoxia / endosome membrane / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / 脂質ラフト / focal adhesion / シナプス / positive regulation of gene expression / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, D. / Gouaux, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Illumination of serotonin transporter mechanism and role of the allosteric site. 著者: Dongxue Yang / Eric Gouaux / 要旨: The serotonin transporter (SERT) terminates serotonin signaling by using sodium and chloride gradients to drive reuptake of serotonin into presynaptic neurons and is the target of widely used ...The serotonin transporter (SERT) terminates serotonin signaling by using sodium and chloride gradients to drive reuptake of serotonin into presynaptic neurons and is the target of widely used medications to treat neuropsychiatric disorders. Despite decades of study, the molecular mechanism of serotonin transport, the coupling to ion gradients, and the role of the allosteric site have remained elusive. Here, we present cryo–electron microscopy structures of SERT in serotonin-bound and serotonin-free states, in the presence of sodium or potassium, resolving all fundamental states of the transport cycle. From the SERT-serotonin complex, we localize the substrate-bound allosteric site, formed by an aromatic pocket positioned in the scaffold domain in the extracellular vestibule, connected to the central site via a short tunnel. Together with elucidation of multiple apo state conformations, we provide previously unseen structural understanding of allosteric modulation, demonstrating how SERT binds serotonin from synaptic volumes and promotes unbinding into the presynaptic neurons. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7li9.cif.gz | 144.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7li9.ent.gz | 115.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7li9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/7li9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/7li9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 12980.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#3: 抗体 | 分子量: 11776.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60875.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A4, HTT, SERT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31645 |
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#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 6種, 11分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-LNK / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-CL / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in KCl in presence of serotoninセロトニントランスポーター遺伝子 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 57 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299808 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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