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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lby | ||||||||||||
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タイトル | Bacterial cellulose synthase BcsB with polyalanine BcsA model | ||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / bacterial cellulose / synthase / structural subunit / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial cellulose biosynthetic process / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-glucose metabolic process / hexosyltransferase activity / cyclic-di-GMP binding / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
![]() | Acheson, J.F. / Zimmer, J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular organization of the E. coli cellulose synthase macrocomplex. 著者: Justin F Acheson / Ruoya Ho / Nicolette F Goularte / Lynette Cegelski / Jochen Zimmer / ![]() 要旨: Cellulose is frequently found in communities of sessile bacteria called biofilms. Escherichia coli and other enterobacteriaceae modify cellulose with phosphoethanolamine (pEtN) to promote host tissue ...Cellulose is frequently found in communities of sessile bacteria called biofilms. Escherichia coli and other enterobacteriaceae modify cellulose with phosphoethanolamine (pEtN) to promote host tissue adhesion. The E. coli pEtN cellulose biosynthesis machinery contains the catalytic BcsA-B complex that synthesizes and secretes cellulose, in addition to five other subunits. The membrane-anchored periplasmic BcsG subunit catalyzes pEtN modification. Here we present the structure of the roughly 1 MDa E. coli Bcs complex, consisting of one BcsA enzyme associated with six copies of BcsB, determined by single-particle cryo-electron microscopy. BcsB homo-oligomerizes primarily through interactions between its carbohydrate-binding domains as well as intermolecular beta-sheet formation. The BcsB hexamer creates a half spiral whose open side accommodates two BcsG subunits, directly adjacent to BcsA's periplasmic channel exit. The cytosolic BcsE and BcsQ subunits associate with BcsA's regulatory PilZ domain. The macrocomplex is a fascinating example of cellulose synthase specification. #1: ![]() タイトル: Molecular Organization of the E. coli Cellulose Synthase Macrocomplex 著者: Acheson, J.F. / Ho, R. / Goularte, N.F. / Cegelski, L. / Zimmer, J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 254.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 194.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 825.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 835.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 23267MC ![]() 7l2zC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 3.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned movie frames [micrographs - multiframe] / Data #3: Unaligned movie frames [micrographs - multiframe] / Data #4: Unaligned movie frames [micrographs - multiframe] / Data #5: Unaligned movie frames [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 101671.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bcsA, yhjO, yhjP, b3533, JW5665 / プラスミド: pETDuetEcBcs_A-12His_nSS-Strep-B_Adra-6His / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 86101.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bcsB, yhjN, b3532, JW3500 / プラスミド: pETDuetEcBcs_A-12His_nSS-Strep-B_Adra-6His / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Bacterial cellulose synthase BcsB with BcsA / タイプ: COMPLEX 詳細: BcsB monomer with BcsA refined using masked local refinement and signal subtraction from E coli BCS inner-membrane complex projections. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.180 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: All buffers made fresh from concentrated stock. A 10% LMNG 2% DMNG 2% CHS solution was made made in milliQ water without buffer. After rocking for one day at room temp the solution was ...詳細: All buffers made fresh from concentrated stock. A 10% LMNG 2% DMNG 2% CHS solution was made made in milliQ water without buffer. After rocking for one day at room temp the solution was briefly sonicated to completely dissolve the CHS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 2 drops amylamine added to the chamber / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3.5 uL applied to c-flat 1.2/1.3 300 mesh grids incubated for 30s then blotted using force 6 for 12 seconds |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2964 / 詳細: movie mode 40 frames |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 409611 | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 193152 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 101.45 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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