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- PDB-7kzf: High resolution cryo EM analysis of HPV16 identifies minor struct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kzf
タイトルHigh resolution cryo EM analysis of HPV16 identifies minor structural protein L2 and describes capsid flexibility
要素Major capsid protein L1
キーワードVIRUS / HPV16 / quasivirus / L1 / capsomer / subparticle
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hartmann, S.R. / Goetschius, D.J. / Hafenstein, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: High resolution cryo EM analysis of HPV16 identifies minor structural protein L2 and describes capsid flexibility.
著者: Daniel J Goetschius / Samantha R Hartmann / Suriyasri Subramanian / Carol M Bator / Neil D Christensen / Susan L Hafenstein /
要旨: Human papillomavirus (HPV) is a significant health burden and leading cause of virus-induced cancers. HPV is epitheliotropic and its replication is tightly associated with terminal keratinocyte ...Human papillomavirus (HPV) is a significant health burden and leading cause of virus-induced cancers. HPV is epitheliotropic and its replication is tightly associated with terminal keratinocyte differentiation making production and purification of high titer virus preparations for research problematic, therefore alternative HPV production methods have been developed for virological and structural studies. In this study we use HPV16 quasivirus, composed of HPV16 L1/L2 capsid proteins with a packaged cottontail rabbit papillomavirus genome. We have achieved the first high resolution, 3.1 Å, structure of HPV16 by using a local subvolume refinement approach. The high resolution enabled us to build L1 unambiguously and identify L2 protein strands. The L2 density is incorporated adjacent to conserved L1 residues on the interior of the capsid. Further interpretation with our own software for Icosahedral Subvolume Extraction and Correlated Classification revealed flexibility, on the whole-particle level through diameter analysis and local movement with inter-capsomer analysis. Inter-capsomer expansion or contraction, governed by the connecting arms, showed no bias in the magnitude or direction of capsomer movement. We propose that papillomavirus capsids are dynamic and capsomers move as rigid bodies connected by flexible linkers. The resulting virus structure will provide a framework for continuing biochemical, genetic and biophysical research for papillomaviruses. Furthermore, our approach has allowed insight into the resolution barrier that has previously been a limitation in papillomavirus structural studies.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23081
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23081
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Major capsid protein L1
B: Major capsid protein L1
C: Major capsid protein L1
D: Major capsid protein L1
E: Major capsid protein L1
A: Major capsid protein L1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,5926
ポリマ－336,5926
非ポリマー00
水00
1
F: Major capsid protein L1
B: Major capsid protein L1
C: Major capsid protein L1
D: Major capsid protein L1
E: Major capsid protein L1
A: Major capsid protein L1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,195,502360
ポリマ－20,195,502360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Major capsid protein L1
B: Major capsid protein L1
C: Major capsid protein L1
D: Major capsid protein L1
E: Major capsid protein L1
A: Major capsid protein L1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.68 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,682,95930
ポリマ－1,682,95930
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
F: Major capsid protein L1
B: Major capsid protein L1
C: Major capsid protein L1
D: Major capsid protein L1
E: Major capsid protein L1
A: Major capsid protein L1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.02 MDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,019,55036
ポリマ－2,019,55036
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein L1


分子量: 56098.617 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
遺伝子: L1 / 細胞株 (発現宿主): 293TT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03101

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human papillomavirus type 16 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: 293TT
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 1 X / 名称: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10143

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.8.3粒子像選択Template picker from manual picks
4cryoSPARC2.8.3CTF補正CTFFIND4
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 202705
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181299 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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