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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kjy | ||||||
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タイトル | Symmetry in Yeast Alcohol Dehydrogenase 1 - Open Form with NADH | ||||||
![]() | Alcohol dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / NADH | ||||||
機能・相同性 | ![]() alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Subramanian, R. / Chang, L. / Li, Z. / Plapp, B.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-Electron Microscopy Structures of Yeast Alcohol Dehydrogenase. 著者: Sai Rohit Guntupalli / Zhuang Li / Leifu Chang / Bryce V Plapp / Ramaswamy Subramanian / ![]() ![]() 要旨: Structures of yeast alcohol dehydrogenase determined by X-ray crystallography show that the subunits have two different conformational states in each of the two dimers that form the tetramer. ...Structures of yeast alcohol dehydrogenase determined by X-ray crystallography show that the subunits have two different conformational states in each of the two dimers that form the tetramer. Apoenzyme and holoenzyme complexes relevant to the catalytic mechanism were described, but the asymmetry led to questions about the cooperativity of the subunits in catalysis. This study used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to provide structures for the apoenzyme, two different binary complexes with NADH, and a ternary complex with NAD and 2,2,2-trifluoroethanol. All four subunits in each of these complexes are identical, as the tetramers have 2 symmetry, suggesting that there is no preexisting asymmetry and that the subunits can be independently active. The apoenzyme and one enzyme-NADH complex have "open" conformations and the inverted coordination of the catalytic zinc with Cys-43, His-66, Glu-67, and Cys-153, whereas another enzyme-NADH complex and the ternary complex have closed conformations with the classical coordination of the zinc with Cys-43, His-66, Cys-153, and a water or the oxygen of trifluoroethanol. The conformational change involves interactions of Arg-340 with the pyrophosphate group of the coenzyme and Glu-67. The cryo-EM and X-ray crystallography studies provide structures relevant for the catalytic mechanism. #1: ![]() タイトル: Mechanistic implications from structures of yeast alcohol dehydrogenase complexed with coenzyme and an alcohol. 著者: Plapp, B.V. / Charlier, H.A. / Ramaswamy, S. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 195 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1010 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36881.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Sc Alcohol Dehydrogenase NADH Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.37 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8.2 詳細: Tris HCl buffer 5mM with 200mM KCl adjusted to pH 8.2. |
緩衝液成分 | 濃度: 50 mM / 名称: Tris / 式: C4H11NO3 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified by Size Exclusion chromatography |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 476561 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 39.3 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4W6Z PDB chain-ID: B / Pdb chain residue range: 1-347 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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