[日本語] English
万見
- PDB-7kjk: The Neck region of Phage XM1 (6-fold symmetry) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kjk
タイトルThe Neck region of Phage XM1 (6-fold symmetry)
要素
  • Collar spike protein
  • Head completion protein
  • Tail sheath protein
  • Tail terminator protein
  • Tail tube protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Myoviridae / Phage / 6-fold neck region
生物種Vibrio phage XM1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang, Z. / Klose, T. / Jiang, W. / Kuhn, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structure of Vibrio phage XM1, a simple contractile DNA injection machine
著者: Wang, Z. / Fokine, A. / Guo, X. / Jiang, W. / Rossmann, M.G. / Kuhn, R.J. / Luo, Z.H. / Klose, T.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22896
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22896
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A5: Tail terminator protein
B5: Tail terminator protein
C5: Tail terminator protein
D5: Tail terminator protein
E5: Tail terminator protein
F5: Tail terminator protein
A3: Collar spike protein
B3: Collar spike protein
C3: Collar spike protein
D3: Collar spike protein
E3: Collar spike protein
F3: Collar spike protein
G3: Collar spike protein
H3: Collar spike protein
I3: Collar spike protein
J3: Collar spike protein
K3: Collar spike protein
L3: Collar spike protein
M3: Collar spike protein
N3: Collar spike protein
O3: Collar spike protein
P3: Collar spike protein
Q3: Collar spike protein
R3: Collar spike protein
A4: Head completion protein
B4: Head completion protein
C4: Head completion protein
D4: Head completion protein
E4: Head completion protein
F4: Head completion protein
A7: Tail tube protein
B7: Tail tube protein
C7: Tail tube protein
D7: Tail tube protein
E7: Tail tube protein
F7: Tail tube protein
A6: Tail sheath protein
B6: Tail sheath protein
C6: Tail sheath protein
D6: Tail sheath protein
E6: Tail sheath protein
F6: Tail sheath protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,232,19042
ポリマ－2,232,19042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "F4"
d_2ens_1chain "B4"
d_3ens_1chain "C4"
d_4ens_1chain "D4"
d_5ens_1chain "E4"
d_6ens_1chain "A4"
d_1ens_2chain "A5"
d_2ens_2chain "B5"
d_3ens_2chain "C5"
d_4ens_2chain "D5"
d_5ens_2chain "E5"
d_6ens_2chain "F5"
d_1ens_3chain "B6"
d_2ens_3chain "A6"
d_3ens_3chain "C6"
d_4ens_3chain "D6"
d_5ens_3chain "E6"
d_6ens_3chain "F6"
d_1ens_4chain "F7"
d_2ens_4chain "E7"
d_3ens_4chain "C7"
d_4ens_4chain "D7"
d_5ens_4chain "A7"
d_6ens_4chain "B7"

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.490844053886, 0.871243703639, -0.00255414034106), (-0.871245781934, -0.49084673861, -0.000516389096312), (-0.00170359220515, 0.0019718174812, 0.999996604849)61.7915639853, 242.766366017, 0.00201461411609
2given(0.496681569481, -0.867931917847, 0.00126669631454), (0.86792264225, 0.496682279013, 0.00412320075258), (-0.00420780314918, -0.000948523408839, 0.999990697305)140.439089128, -36.7336173292, 0.525678392784
3given(-0.5105531431, -0.859845274424, 0.00126179289687), (0.859845737734, -0.510550796692, 0.00178642043418), (-0.000891835799706, 0.00199700981185, 0.999997608287)242.194449067, 68.2036053224, -0.0351876015207
4given(-0.999900477286, 0.0133633474576, -0.00452288259494), (-0.0133697000287, -0.999909673099, 0.00137723053621), (-0.00450406964679, 0.00143756305405, 0.999988823322)202.574707564, 207.710990018, 0.412142936645
5given(0.501075922732, 0.865399995459, 0.00240156551885), (-0.865403129714, 0.501072001334, 0.00206701752224), (0.000585439713491, -0.00311405502849, 0.999994979948)-39.0165727542, 139.16736124, 0.162751883104
6given(0.507670673812, -0.861435125902, 0.0141425179303), (0.86131258839, 0.507847999821, 0.0151998078352), (-0.0202758978195, 0.00446463203945, 0.999784454284)138.031288021, -38.0660611101, 1.04830159028
7given(-0.493183386165, -0.869923671646, -0.00171846455039), (0.869883232355, -0.493177978317, 0.00886813232332), (-0.00856210710412, 0.0028787520304, 0.999959200722)241.808750051, 65.1965810208, 0.326073759596
8given(-0.999702394758, -0.0143509804669, -0.0197274244244), (0.01428897059, -0.999892525351, 0.00328071123234), (-0.0197723856492, 0.00299785028806, 0.999800012832)206.333708599, 205.201319057, 1.23135510118
9given(-0.499227909075, 0.866469213459, -0.00161149861813), (-0.866421455616, -0.499218496768, -0.00973415286271), (-0.00923883369233, -0.00346332380183, 0.999951323485)62.7260513998, 243.624994902, 1.26464913545
10given(0.502694605143, 0.864464033664, 0.00026164980275), (-0.864462149214, 0.502694101855, -0.00195768676485), (-0.00182387960999, 0.000757932224425, 0.999998049499)-38.7636271837, 139.312030733, 0.0812601821528
11given(0.50056145032, 0.865700919613, 0.000390172768066), (-0.865700723667, 0.500560870351, 0.00103543014519), (0.000701067608516, -0.000856069262851, 0.999999387825)-38.6837450578, 139.435670886, -0.010899113731
12given(0.500831088366, -0.865543969356, -0.00136309855666), (0.865544801691, 0.500831503064, 4.24911530166E-5), (0.000645904737711, -0.00120110376032, 0.999999070078)140.270975261, -35.7221520674, 0.0164747411302
13given(-0.497434884348, -0.867499601624, -0.0017254030792), (0.867500964811, -0.497435491665, -8.76600544109E-5), (-0.000782231666743, -0.00154039400492, 0.999998507649)241.767664272, 66.7712865265, 0.307645823504
14given(-0.999983184931, -0.00116469769872, -0.0056809624213), (0.00116436756121, -0.999999320238, 6.14200002022E-5), (-0.00568103009533, 5.48042390608E-5, 0.999983861317)203.36575166, 206.643027678, 0.200041148281
15given(-0.499596088423, 0.866258129916, 0.000775104672417), (-0.866256983308, -0.499596688612, 0.00140982213336), (0.00160850961243, 3.29017879247E-5, 0.999998705806)62.6478434253, 242.797557159, -0.17136863343
16given(-0.999994012375, 0.00315262996115, 0.0014269332636), (-0.00315460310492, -0.999994068356, -0.00138265433903), (0.00142256580204, -0.00138714746832, 0.999998026062)202.652968715, 207.090731394, -0.0196308965193
17given(-0.501053510038, 0.865415222046, -0.00136876952153), (-0.865411664991, -0.501055376146, -0.00248196133795), (-0.00283375644986, -5.9046329544E-5, 0.999995983161)63.0283657717, 243.134510531, 0.310324435508
18given(0.496700885345, 0.867919337993, -0.00206233720597), (-0.867920718525, 0.496702601592, 0.00038977716502), (0.00136266339459, 0.00159634252669, 0.999997797417)-38.5114679102, 140.19096316, -0.395140806667
19given(0.495598602258, -0.868551031656, -0.00106341394368), (0.868550795451, 0.495595974568, 0.00203610228933), (-0.00124143507417, -0.00193271847532, 0.999997361716)141.072468596, -36.1564594805, 0.371643208526
20given(-0.503701700783, -0.863877550612, 0.000417345627797), (0.863876839791, -0.503700506529, 0.00161412389571), (-0.00118418819329, 0.00117357217359, 0.999998610212)242.013020147, 67.681878034, 0.0389523102876

-
要素

#1: タンパク質
Tail terminator protein


分子量: 18236.037 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#2: タンパク質
Collar spike protein


分子量: 90692.562 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#3: タンパク質
Head completion protein


分子量: 13045.932 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#4: タンパク質
Tail tube protein


分子量: 15665.332 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)
#5: タンパク質
Tail sheath protein


分子量: 53006.762 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Vibrio phage XM1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Vibrio rotiferianus
ウイルス殻直径: 640 nm / 三角数 (T数): 7
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 8 mM MgSO4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10615
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10615 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 117.92 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008959988
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.914881510
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05329684
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005410548
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.05428280
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2B4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000715618407636
ens_1d_3C4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00071554647701
ens_1d_4D4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00071253546804
ens_1d_5E4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701833271055
ens_1d_6A4ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705826780497
ens_2d_2B5ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.125989642891
ens_2d_3C5ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.125977593673
ens_2d_4D5ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.125989826261
ens_2d_5E5ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.125974849135
ens_2d_6F5ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.089465960932
ens_3d_2A6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0520770807838
ens_3d_3C6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0734960220917
ens_3d_4D6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000695801503048
ens_3d_5E6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0520816628813
ens_3d_6F6ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000702316365209
ens_4d_2E7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000691833102394
ens_4d_3C7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000693912904321
ens_4d_4D7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000696941421207
ens_4d_5A7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000711415683836
ens_4d_6B7ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701083798755

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る