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万見
- PDB-7khw: Cryo-EM structure of enteropathogenic Escherichia coli type III s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7khw
タイトルCryo-EM structure of enteropathogenic Escherichia coli type III secretion system EspA filament
要素Translocon EspA
キーワードPROTEIN FIBRIL / type III secretion system (T3SS) / EspA filament / Helical reconstruction
機能・相同性EspA-like secreted protein / EspA-like secreted protein / EspA/CesA-like / Translocon EspA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zheng, W. / Ilangovan, A. / Costa, T.R.D. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Cryoelectron-microscopy structure of the enteropathogenic type III secretion system EspA filament.
著者: Weili Zheng / Alejandro Peña / Aravindan Ilangovan / Yasaman Naemi Baghshomali / Gad Frankel / Edward H Egelman / Tiago R D Costa /
要旨: Enteropathogenic (EPEC) and enterohemorrhagic (EHEC) utilize a macromolecular type III secretion system (T3SS) to inject effector proteins into eukaryotic cells. This apparatus spans the inner and ...Enteropathogenic (EPEC) and enterohemorrhagic (EHEC) utilize a macromolecular type III secretion system (T3SS) to inject effector proteins into eukaryotic cells. This apparatus spans the inner and outer bacterial membranes and includes a helical needle protruding into the extracellular space. Thus far observed only in EPEC and EHEC and not found in other pathogenic Gram-negative bacteria that have a T3SS is an additional helical filament made by the EspA protein that forms a long extension to the needle, mediating both attachment to eukaryotic cells and transport of effector proteins through the intestinal mucus layer. Here, we present the structure of the EspA filament from EPEC at 3.4 Å resolution. The structure reveals that the EspA filament is a right-handed 1-start helical assembly with a conserved lumen architecture with respect to the needle to ensure the seamless transport of unfolded cargos en route to the target cell. This functional conservation is despite the fact that there is little apparent overall conservation at the level of sequence or structure with the needle. We also unveil the molecular details of the immunodominant EspA epitope that can now be exploited for the rational design of epitope display systems.
履歴
登録2020年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22881
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22881
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocon EspA
B: Translocon EspA
C: Translocon EspA
D: Translocon EspA
E: Translocon EspA
F: Translocon EspA
G: Translocon EspA
H: Translocon EspA
I: Translocon EspA
J: Translocon EspA
K: Translocon EspA
L: Translocon EspA
M: Translocon EspA
N: Translocon EspA
O: Translocon EspA
P: Translocon EspA
Q: Translocon EspA
R: Translocon EspA
S: Translocon EspA
T: Translocon EspA
U: Translocon EspA
V: Translocon EspA
W: Translocon EspA
X: Translocon EspA
Y: Translocon EspA
Z: Translocon EspA
a: Translocon EspA
b: Translocon EspA
c: Translocon EspA
d: Translocon EspA
e: Translocon EspA
f: Translocon EspA
g: Translocon EspA
h: Translocon EspA
i: Translocon EspA
j: Translocon EspA
k: Translocon EspA
l: Translocon EspA
m: Translocon EspA
n: Translocon EspA
o: Translocon EspA
p: Translocon EspA
q: Translocon EspA
r: Translocon EspA
s: Translocon EspA
t: Translocon EspA
u: Translocon EspA
v: Translocon EspA
w: Translocon EspA
x: Translocon EspA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,024,14150
ポリマ－1,024,14150
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area239830 Å2
ΔGint-1339 kcal/mol
Surface area364150 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 50 / Rise per n subunits: 4.4 Å / Rotation per n subunits: 64.3 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
Translocon EspA


分子量: 20482.811 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 参照: UniProt: B7UM94

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: EspA filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 64.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159460 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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