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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kf7 | ||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of the heavy metal efflux pump CusA in a heterogeneous 1 open and 2 closed protomer conformation | ||||||
![]() | Cation efflux system protein CusA | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN/ TRANSPORT PROTEIN / efflux / pump / heavy metal. copper / silver / closed / open / transporter / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN- TRANSPORT PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() silver ion transport / silver ion transmembrane transporter activity / plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion / response to copper ion ...silver ion transport / silver ion transmembrane transporter activity / plasma membrane copper ion transport / copper ion transmembrane transport / response to silver ion / silver ion transmembrane transport / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion export / detoxification of copper ion / response to copper ion / xenobiotic transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / response to toxic substance / copper ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
![]() | Moseng, M.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structures of CusA Reveal a Mechanism of Metal-Ion Export. 著者: Mitchell A Moseng / Meinan Lyu / Tanadet Pipatpolkai / Przemyslaw Glaza / Corey C Emerson / Phoebe L Stewart / Phillip J Stansfeld / Edward W Yu / ![]() ![]() 要旨: Gram-negative bacteria utilize the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily of efflux pumps to expel a variety of toxic compounds from the cell. The CusA membrane protein, which ...Gram-negative bacteria utilize the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily of efflux pumps to expel a variety of toxic compounds from the cell. The CusA membrane protein, which recognizes and extrudes biocidal Cu(I) and Ag(I) ions, belongs to the heavy-metal efflux (HME) subfamily of RND efflux pumps. We here report four structures of the trimeric CusA heavy-metal efflux pump in the presence of Cu(I) using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We discover that different CusA protomers within the trimer are able to bind Cu(I) ions simultaneously. Our structural data combined with molecular dynamics (MD) simulations allow us to propose a mechanism for ion transport where each CusA protomer functions independently within the trimer. The bacterial RND superfamily of efflux pumps mediate resistance to a variety of biocides, including Cu(I) and Ag(I) ions. Here we report four cryo-EM structures of the trimeric CusA pump in the presence of Cu(I). Combined with MD simulations, our data indicate that each CusA protomer within the trimer recognizes and extrudes Cu(I) independently. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 963.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 924.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 948.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 74.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 115.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 115833.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CU1 / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CusA with heterogeneous protomer conformations / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.5 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75703 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |