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- PDB-7kc1: Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kc1
タイトルCryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Flu / HA / HV6-1 / VRC / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Gorman, J. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateSF349247 米国
Other privateAgouron Institute (F00316) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH S10 OD019994-01 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021
タイトル: Sequence-Signature Optimization Enables Improved Identification of Human HV6-1-Derived Class Antibodies That Neutralize Diverse Influenza A Viruses.
著者: Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Adrian Creanga / M Gordon Joyce / Kwanyee Leung / Reda Rawi / Lingshu Wang / Eun Sung Yang / Yongping Yang / ...著者: Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Adrian Creanga / M Gordon Joyce / Kwanyee Leung / Reda Rawi / Lingshu Wang / Eun Sung Yang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Yi Zhang / Masaru Kanekiyo / Tongqing Zhou / Brandon J DeKosky / Barney S Graham / John R Mascola / Peter D Kwong /
要旨: Sequence signatures of multidonor broadly neutralizing influenza antibodies can be used to quantify the prevalence of B cells with virus-neutralizing potential to accelerate development of broadly ...Sequence signatures of multidonor broadly neutralizing influenza antibodies can be used to quantify the prevalence of B cells with virus-neutralizing potential to accelerate development of broadly protective vaccine strategies. Antibodies of the same class share similar recognition modes and developmental pathways, and several antibody classes have been identified that neutralize diverse group 1- and group 2-influenza A viruses and have been observed in multiple human donors. One such multidonor antibody class, the HV6-1-derived class, targets the stem region of hemagglutinin with extraordinary neutralization breadth. Here, we use an iterative process to combine informatics, biochemical, and structural analyses to delineate an improved sequence signature for HV6-1-class antibodies. Based on sequence and structure analyses of known HV6-1 class antibodies, we derived a more inclusive signature (version 1), which we used to search for matching B-cell transcripts from published next-generation sequencing datasets of influenza vaccination studies. We expressed selected antibodies, evaluated their function, and identified amino acid-level requirements from which to refine the sequence signature (version 2). The cryo-electron microscopy structure for one of the signature-identified antibodies in complex with hemagglutinin confirmed motif recognition to be similar to known HV6-1-class members, MEDI8852 and 56.a.09, despite differences in recognition-loop length. Threading indicated the refined signature to have increased accuracy, and signature-identified heavy chains, when paired with the light chain of MEDI8852, showed neutralization comparable to the most potent members of the class. Incorporating sequences of additional class members thus enables an improved sequence signature for HV6-1-class antibodies, which can identify class members with increased accuracy.
履歴
登録2020年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22804
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22804
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
C: Hemagglutinin
D: Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein
E: Fab heavy chain
F: Fab light chain
G: Hemagglutinin
I: Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein
J: Fab heavy chain
K: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,82939
ポリマ－331,55312
非ポリマー13,27527
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACGBDI

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 38515.629 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0HR89
#2: タンパク質 Fusion protein of Hemagglutinin and Envelope glycoprotein


分子量: 25259.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2P1E3C0, UniProt: M1E1E4

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抗体 , 2種, 6分子 HEJLFK

#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24292.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab light chain


分子量: 22450.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 27分子

#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HACOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HACOMPLEX#1-#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分式: PBS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 71.06 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10024
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3965: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1DoG Picker粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
11cryoSPARC2.14分類
12cryoSPARC2.14３次元再構成
19PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29735 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4O5N

4o5n

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317814
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53824153
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.2662826
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0472862
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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