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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k5c | ||||||
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タイトル | Structure of T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / T7 / ejectosome / ejection protein / genome-delivery / podoviridae | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component ...symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component / killing of cells of another organism / hydrolase activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
![]() | Swanson, N. / Cingolani, G. / Pumroy, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the periplasmic tunnel of T7 DNA-ejectosome at 2.7 Å resolution. 著者: Nicholas A Swanson / Ravi K Lokareddy / Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Sebastian Leptihn / Mikhail Pavlenok / Michael Niederweis / Ruth A Pumroy / Vera Y Moiseenkova-Bell / Gino Cingolani / ![]() ![]() 要旨: Hershey and Chase used bacteriophage T2 genome delivery inside Escherichia coli to demonstrate that DNA, not protein, is the genetic material. Seventy years later, our understanding of viral genome ...Hershey and Chase used bacteriophage T2 genome delivery inside Escherichia coli to demonstrate that DNA, not protein, is the genetic material. Seventy years later, our understanding of viral genome delivery in prokaryotes remains limited, especially for short-tailed phages of the Podoviridae family. These viruses expel mysterious ejection proteins found inside the capsid to form a DNA-ejectosome for genome delivery into bacteria. Here, we reconstitute the phage T7 DNA-ejectosome components gp14, gp15, and gp16 and solve the periplasmic tunnel structure at 2.7 Å resolution. We find that gp14 forms an outer membrane pore, gp15 assembles into a 210 Å hexameric DNA tube spanning the host periplasm, and gp16 extends into the host cytoplasm forming a ∼4,200 residue hub. Gp16 promotes gp15 oligomerization, coordinating peptidoglycan hydrolysis, DNA binding, and lipid insertion. The reconstituted gp15:gp16 complex lacks channel-forming activity, suggesting that the pore for DNA passage forms only transiently during genome ejection. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1004.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 766.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84454.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 144028.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P03726, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Multisubunit T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel with 6x copies of Gp15 and 6x copies of Gp16 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.59 MDa | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.5 / 詳細: Solutions were made fresh and filtered. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This sample was monodisperse, but high concentration. Some preferred orientation. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: blot for 6 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8601 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4700000 詳細: Manually picked 2000 particles using Relion GUI, followed by 2D-Classification to select templates, then Relion auto-picking was used. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208024 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 45.1 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: 0.92 |