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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k20 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of pyrene-labeled ADP-actin filaments | ||||||
要素 | Actin, alpha skeletal muscle | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / actin / pyrene / fluorescence / ADP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Striated Muscle Contraction / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chou, S.Z. / Pollard, T.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron microscopy structures of pyrene-labeled ADP-P- and ADP-actin filaments. 著者: Steven Z Chou / Thomas D Pollard / 要旨: Since the fluorescent reagent N-(1-pyrene)iodoacetamide was first used to label skeletal muscle actin in 1981, the pyrene-labeled actin has become the most widely employed tool to measure the ...Since the fluorescent reagent N-(1-pyrene)iodoacetamide was first used to label skeletal muscle actin in 1981, the pyrene-labeled actin has become the most widely employed tool to measure the kinetics of actin polymerization and the interaction between actin and actin-binding proteins. Here we report high-resolution cryo-electron microscopy structures of actin filaments with N-1-pyrene conjugated to cysteine 374 and either ADP (3.2 Å) or ADP-phosphate (3.0 Å) in the active site. Polymerization buries pyrene in a hydrophobic cavity between subunits along the long-pitch helix with only minor differences in conformation compared with native actin filaments. These structures explain how polymerization increases the fluorescence 20-fold, how myosin and cofilin binding to filaments reduces the fluorescence, and how profilin binding to actin monomers increases the fluorescence. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k20.cif.gz | 256.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k20.ent.gz | 217.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k20_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k20_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7k20_validation.xml.gz | 45.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k20_validation.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k20 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: The C19 atom of pyrene (1T4) is chemically conjugated to the SG atom of actin C374 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P68139 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-1T4 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pyrene-labeled ADP-actin filaments / タイプ: COMPLEX 詳細: Pyene is chemically conjugated to the side chain of actin C374 Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 11 sec. / 電子線照射量: 67.9 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -166.57869 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.385195 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268618 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: Restraints for pyrene were generated with eLBOW in Phenix. The coordinates of actin and pyrene were joined together manually in a text editor, and then fitted into the map in Coot. | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6DJN | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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