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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k0t | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of rabbit RyR1 in the presence of AMP-PCP in nanodisc | |||||||||||||||||||||
![]() | RyR1 | |||||||||||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Ryanodine Receptor / RyR1 / Intracellular Calcium channel / Excitation-Contraction coupling / ATP | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Nayak, A.R. / Samso, M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ca inactivation of the mammalian ryanodine receptor type 1 in a lipidic environment revealed by cryo-EM. 著者: Ashok R Nayak / Montserrat Samsó / ![]() 要旨: Activation of the intracellular Ca channel ryanodine receptor (RyR) triggers a cytosolic Ca surge, while elevated cytosolic Ca inhibits the channel in a negative feedback mechanism. Cryogenic ...Activation of the intracellular Ca channel ryanodine receptor (RyR) triggers a cytosolic Ca surge, while elevated cytosolic Ca inhibits the channel in a negative feedback mechanism. Cryogenic electron microscopy of rabbit RyR1 embedded in nanodiscs under partially inactivating Ca conditions revealed an open and a closed-inactivated conformation. Ca binding to the high-affinity site engages the central and C-terminal domains into a block, which pries the S6 four-helix bundle open. Further rotation of this block pushes S6 toward the central axis, closing (inactivating) the channel. Main characteristics of the Ca-inactivated conformation are downward conformation of the cytoplasmic assembly and tightly knit subunit interface contributed by a fully occupied Ca activation site, two inter-subunit resolved lipids, and two salt bridges between the EF hand domain and the S2-S3 loop validated by disease-causing mutations. The structural insight illustrates the prior Ca activation prerequisite for Ca inactivation and provides for a seamless transition from inactivated to closed conformations. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 338.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 561.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 533663.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACP / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Rabbit RyR1 with AMP-PCP / タイプ: COMPLEX 詳細: Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein MSP1E3D1, and POPC. Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 2.26 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Purified RyR1 was reconstituted with membrane scaffold protein, MSP1E3D1, and POPC in 1:2:50 molar ratio. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Sample was blotted for 1 second on both sides with Whatman hardened ashless filter paper with blot force 2. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 70.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1959 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 60 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 52856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21551 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |