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万見
- PDB-7jpn: Cryo-EM structure of Arpin-bound Arp2/3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jpn
タイトルCryo-EM structure of Arpin-bound Arp2/3 complex
要素
  • (Actin-related protein ...) x 7
  • Arpin
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / actin / ATPase / actin related protein / arp / cytoskeleton / Arp2-3 complex / actin nucleation / actin branching / Arpin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of actin nucleation / negative regulation of lamellipodium morphogenesis / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / directional locomotion / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis ...negative regulation of actin nucleation / negative regulation of lamellipodium morphogenesis / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / directional locomotion / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cilium assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / actin filament polymerization / negative regulation of cell migration / cell projection / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / cell migration / lamellipodium / site of double-strand break / actin binding / cell cortex / neuron projection / synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arpin / Arp2/3-interacting proteins Arpin / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc ...Arpin / Arp2/3-interacting proteins Arpin / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc / ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit / ARP2/3 complex 20 kDa subunit (ARPC4) / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Actin-related protein 2 / Actin related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B / Arpin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者van Eeuwen, T. / Fregoso, F.E. / Dominguez, R. / Zimmet, A. / Boczkowska, M. / Rebowski, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM07391 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008275 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F31-HL146077 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of Arp2/3 complex inhibition by Arpin.
著者: Fred E Fregoso / Trevor van Eeuwen / Gleb Simanov / Grzegorz Rebowski / Malgorzata Boczkowska / Austin Zimmet / Alexis M Gautreau / Roberto Dominguez /
要旨: Positive feedback loops involving signaling and actin assembly factors mediate the formation and remodeling of branched actin networks in processes ranging from cell and organelle motility to ...Positive feedback loops involving signaling and actin assembly factors mediate the formation and remodeling of branched actin networks in processes ranging from cell and organelle motility to mechanosensation. The Arp2/3 complex inhibitor Arpin controls the directional persistence of cell migration by interrupting a feedback loop involving Rac-WAVE-Arp2/3 complex, but Arpin's mechanism of inhibition is unknown. Here, we describe the cryo-EM structure of Arpin bound to Arp2/3 complex at 3.24-Å resolution. Unexpectedly, Arpin binds Arp2/3 complex similarly to WASP-family nucleation-promoting factors (NPFs) that activate the complex. However, whereas NPFs bind to two sites on Arp2/3 complex, on Arp2-ArpC1 and Arp3, Arpin only binds to the site on Arp3. Like NPFs, Arpin has a C-helix that binds at the barbed end of Arp3. Mutagenesis studies in vitro and in cells reveal how sequence differences within the C-helix define the molecular basis for inhibition by Arpin vs. activation by NPFs.
履歴
登録2020年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22416
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-related protein 3
B: Actin-related protein 2
C: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B
D: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
E: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
F: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
G: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
H: Arpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,82412
ポリマ－224,7618
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Actin-related protein ... , 7種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質 Actin-related protein 3 / Actin-2 / Actin-like protein 3


分子量: 46908.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61157
#2: タンパク質 Actin-related protein 2 / Actin-like protein 2


分子量: 42945.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A7MB62
#3: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B / Arp2/3 complex 41 kDa subunit / p41-ARC


分子量: 41030.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q58CQ2
#4: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Arp2/3 complex 34 kDa subunit / p34-ARC


分子量: 34402.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3MHR7
#5: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit / p21-ARC


分子量: 20572.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T035
#6: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Arp2/3 complex 20 kDa subunit / p20-ARC


分子量: 19697.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q148J6
#7: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 5


分子量: 15473.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: G3MXC8

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 H

#8: タンパク質・ペプチド Arpin / Arp2/3 inhibition protein


分子量: 3730.892 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 193-226 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARPIN, C15orf38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6K5

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非ポリマー , 2種, 4分子

#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1bovine Arp2/3 complex with ArpinCOMPLEX#1-#80MULTIPLE SOURCES
2bovine Arp2/3COMPLEX#1-#71NATURAL
3ArpinCOMPLEX#81RECOMBINANT
分子量値: 0.2489 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株器官
22Bos taurus (ウシ)9913brain
33Homo sapiens (ヒト)9606BL21 (DE3)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMDithiothreitolHSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SH1
4.2 mMAdenosine triphosphate disodium saltC10H14N5O13P3Na21
5.2 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE
詳細: Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Data were collected in super-resolution mode with an illuminated area of 1.01 um, nominal dose of 40 e-/A^2, a dose rate of 4.87 e-/s/pixel, and 2 or 5 exposures per hole by image shift.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9661
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Latitude画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
5cryoSPARC2.12.4CTF補正
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC2.12.4初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.12.4最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.12.4分類
13cryoSPARC2.12.4３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: Super resolution mode; micrographs binned during motion correction
CTF補正詳細: CTF correction was done in cryoSPARC for intial 2D classification and then repeated in CTFFIND4 (Relion) for classification and final reconstruction.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4485066 / 詳細: Particles autopicked in cryoSPARC
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182324 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 132 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14JD2

4jd2

14JD21PDBexperimental model
21K8K

1k8k

11K8K2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315373
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53820807
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4822048
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452281
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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