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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jh7 | ||||||||||||
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タイトル | cardiac actomyosin complex | ||||||||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / actomyosin | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() actin-myosin filament sliding / myosin filament / myosin complex / myosin binding / myofibril / heart contraction / mesenchyme migration / cytoskeletal motor activity / sarcomere / filopodium ...actin-myosin filament sliding / myosin filament / myosin complex / myosin binding / myofibril / heart contraction / mesenchyme migration / cytoskeletal motor activity / sarcomere / filopodium / actin filament organization / actin filament / actin filament binding / lamellipodium / cell body / calmodulin binding / positive regulation of gene expression / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
![]() | Galkin, V.E. / Schroeder, G.F. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-Resolution Cryo-EM Structure of the Cardiac Actomyosin Complex. 著者: Cristina Risi / Luisa U Schäfer / Betty Belknap / Ian Pepper / Howard D White / Gunnar F Schröder / Vitold E Galkin / ![]() ![]() 要旨: Heart contraction depends on a complicated array of interactions between sarcomeric proteins required to convert chemical energy into mechanical force. Cyclic interactions between actin and myosin ...Heart contraction depends on a complicated array of interactions between sarcomeric proteins required to convert chemical energy into mechanical force. Cyclic interactions between actin and myosin molecules, controlled by troponin and tropomyosin, generate the sliding force between the actin-based thin and myosin-based thick filaments. Alterations in this sophisticated system due to missense mutations can lead to cardiovascular diseases. Numerous structural studies proposed pathological mechanisms of missense mutations at the myosin-myosin, actin-tropomyosin, and tropomyosin-troponin interfaces. However, despite the central role of actomyosin interactions a detailed structural description of the cardiac actomyosin interface remained unknown. Here, we report a cryo-EM structure of a cardiac actomyosin complex at 3.8 Å resolution. The structure reveals the molecular basis of cardiac diseases caused by missense mutations in myosin and actin proteins. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 801.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 626.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42064.891 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 223649.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 11507.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: porcine native cardiac thin filament decorated with porcine cardiac myosin-S1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 492 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 0.09 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 3 uL of 2 uM TFs were applied to glow-discharged lacey carbon grid for 1 min, gently blotted with Whatman #1 filter paper, and incubated with 2 uL of myosin-S1 [1.2 uM] for 2 min |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2373 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -166.7 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.3 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115746 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: SWISS-MODEL web service used to create initial homology models of cardiac actin and myosin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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