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万見
- PDB-7fd5: A complete three-dimensional structure of the Lon protease transl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fd5
タイトルA complete three-dimensional structure of the Lon protease translocating a protein substrate (conformation 2)
要素
  • Alpha-S1-casein
  • Lon protease
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / AAA+ protease / Lon / complete three-dimensional structure / N-terminal domain / CYTOSOLIC PROTEIN / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / cellular response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LON domain-like / Lon protease, bacterial / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / : / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain ...LON domain-like / Lon protease, bacterial / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / : / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / PUA-like superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Roll / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4KZ / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Lon protease
類似検索 - 構成要素
生物種Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, S. / Hsieh, K. / Kuo, C. / Lee, S. / Pintilie, G. / Zhang, K. / Chang, C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2320-B-001-011-MY3 台湾
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Complete three-dimensional structures of the Lon protease translocating a protein substrate.
著者: Shanshan Li / Kan-Yen Hsieh / Chiao-I Kuo / Szu-Hui Lee / Grigore D Pintilie / Kaiming Zhang / Chung-I Chang /
要旨: Lon is an evolutionarily conserved proteolytic machine carrying out a wide spectrum of biological activities by degrading misfolded damaged proteins and specific cellular substrates. Lon contains a ...Lon is an evolutionarily conserved proteolytic machine carrying out a wide spectrum of biological activities by degrading misfolded damaged proteins and specific cellular substrates. Lon contains a large N-terminal domain and forms a hexameric core of fused adenosine triphosphatase and protease domains. Here, we report two complete structures of Lon engaging a substrate, determined by cryo–electron microscopy to 2.4-angstrom resolution. These structures show a multilayered architecture featuring a tensegrity triangle complex, uniquely constructed by six long N-terminal helices. The interlocked helix triangle is assembled on the top of the hexameric core to spread a web of six globular substrate-binding domains. It serves as a multipurpose platform that controls the access of substrates to the AAA+ ring, provides a ruler-based mechanism for substrate selection, and acts as a pulley device to facilitate unfolding of the translocated substrate. This work provides a complete framework for understanding the structural mechanisms of Lon.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31535
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Lon protease
B: Lon protease
D: Lon protease
C: Lon protease
E: Lon protease
A: Lon protease
S: Alpha-S1-casein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)538,57919
ポリマ－533,2187
非ポリマー5,36112
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Lon protease / ATP-dependent protease La


分子量: 88554.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis (バクテリア)
遺伝子: lonA1, lon / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059VAZ3, endopeptidase La
#2: タンパク質・ペプチド Alpha-S1-casein


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-4KZ / N-[(1R)-1-(dihydroxyboranyl)-2-phenylethyl]-Nalpha-(pyrazin-2-ylcarbonyl)-L-phenylalaninamide


分子量: 418.253 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23BN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細Authors know the sequence of chain S (UNP P02662) but don't know how the coordinates align with the ...Authors know the sequence of chain S (UNP P02662) but don't know how the coordinates align with the sequence. P02662 sequence is MKLLILTCLV AVALARPKHP IKHQGLPQEV LNENLLRFFV APFPEVFGKE KVNELSKDIG SESTEDQAME DIKQMEAESI SSSEEIVPNS VEQKHIQKED VPSERYLGYL EQLLRLKKYK VPQLEIVPNS AEERLHSMKE GIHAQQKEPM IGVNQELAYF YPELFRQFYQ LDAYPSGAWY YVPLGTQYTD APSFSDIPNP IGSENSEKTT MPLW

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1A complete three-dimensional structure of the Lon protease translocating a protein substrate (conformation 2)COMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Lon proteaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Alpha-S1-caseinCOMPLEX#21NATURAL
分子量値: 0.37 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Meiothermus taiwanensis (バクテリア)172827
32Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 156330 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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